您可以更改浮点显示：

pd.options.display.float_format = '{:,6f}'.format

#if necessary convert to floats
df = df.astype(float)

或者将格式更改为6个零：

df = df.astype(float).applymap('{:.6f}'.format)

format方法是正确的，但我认为您要寻找的是：
输入文件data.txt

year        month       day 
count   1234.0000   5678.0000   9101.0000
mean    12.1200     34.3400     2.3456 
std     12.1200     3.4560      7.7890

格式化（请参阅格式化迷你语言）

import numpy as np
import pandas as pd

file = "/path/to/data.txt"
df = pd.read_csv(file, delim_whitespace=True)

# update all columns with data type number
# use the "n" format
df.update(df.select_dtypes(include=np.number).applymap('{:n}'.format))
print(df)

输出量

year  month     day
count   1234   5678    9101
mean   12.12  34.34  2.3456
std    12.12  3.456   7.789