while循环只会执行一个语句，除非你用大括号{ }组成一个复合语句。cin语句在它的外部。

while (mask_array[input1][input2] == true )
  {
    cout << "enter again" << endl;
    cin >> input1;
    cin >> input2;
  }

只要mask_array[input1][input2]中的内容没有被转换为布尔值false，下面循环中的条件就是true：

while (mask_array[input1][input2] == true) cout << "enter again" << endl;

0的值会转换为false，其他值则为true。
下面几行的缩进无关紧要。C++编译器不关心缩进。它将执行条件后面的语句。

// this is what you check:

while (mask_array[input1][input2] == true ) cout << "enter again" << endl;

// not in the loop:
    cin >> input1;
    cin >> input2;

在while ( condition ) statement中，* 复合语句 * 必须用花括号括起来，就像while ( condition ) { /* do stuff */ }一样。只要condition是（转换成）true，花括号内的所有内容都会被重复执行。
要使其成为正确的"检查并重试"循环，请执行以下操作：

for(unsigned y = 0; y < ROW; ++y) {
    for(unsigned x = 0; x < COL; ++x) {
        while ( !(std::cin >> mask_array[y][x]) ) {
            std::cout << "enter again\n";
        }
    }
}

在这种情况下，您可以使用类似下面的helper函数：

int int_value_prompt(const char *prompt) {
    int value;
    std::cout << prompt;
    while(!(std::cin >> value)) { // check if the extraction succeeded
        if(std::cin.eof()) throw std::runtime_error("bye bye");
        std::cin.clear();  // clear error state
        std::cin.ignore(); // drop a char
        std::cout << "try again\n" << prompt;
    }
    return value;
}