scanf()可能无法读取数字并返回0。除非输入缓冲区发生变化，否则它将永远这样做，直到达到计数限制。在该点之后，每个数组都将是未定义的。您还没有告诉我们该输入如何处理“跳过非数字”。
当你读取vstup == 2000条目时，你会溢出数组，因为测试是在你已经读取了值之后（未定义的行为）。

#include <stdio.h>
#define MAX_VSTUP 2000

int main(void) {
    int vstup[MAX_VSTUP];
    size_t velikostVstupu=0;
    for(; velikostVstupu < sizeof vstup / sizeof *vstup; velikostVstupu++) {
        if(scanf("%d", vstup+velikostVstupu) != 1)
            break;
    }
    printf("Nespravny vstup %zu.\n", velikostVstupu);
}

下面是一些运行示例：

$ seq 1 | ./a.out
Nespravny vstup 1.
$ seq 2000 | ./a.out
Nespravny vstup 2000.
$ seq 2001 | ./a.out
Nespravny vstup 2000.

感谢@JonathanLeffler，我想我知道当输入非数字时会发生什么。它只读取非数字，直到非数字将其余部分留在缓冲区中。当下一个请求时，它忽略白色，他立即找到一个非数字，不取任何内容，并将缓冲区保留不变，但增加velikostVstupu。这种情况一直持续到velikostVstupu〉2000。