typedef的使用让我想到您实际上想要定义一个名为test1的类型。将名称移至struct之后：

#include <stdio.h>

typedef struct {
    int array1[3];
    int array2[3];
} test1;            // now a name you can use

然后，您需要创建test1的一个示例，以便能够将其与scanf_s一起使用：

int main(void) {
    test1 t1;      // `t1` is now a `test1` instance

    scanf_s(" %d %d", &t1.array1[1], &t1.array2[1]);
//                     ^^             ^^
}

您声明了类型说明符struct test1（而且typedef声明甚至没有为类型说明符struct test1声明typedef名称）

typedef struct test1 {
    int array1[3];
    int array2[3];
};

但是scanf_s的调用

scanf_s(" %d %d", &test1.array1[1], &test1.array2[1]);

预期对象。test1不是对象。这个名称什至未宣告。
你可以这样写

struct test1 test1;
scanf_s(" %d %d", &test1.array1[1], &test1.array2[1]);