linux R用矩形而不是文本绘制图

whlutmcx 于 2022-12-03 发布在 Linux

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我正在使用snakemake构建管道，并使用conda和singularity环境来确保重现性。我遇到了一个错误，即图上的文本被矩形x1c 0d1x替换
在Linux和Mac系统上试验管道并禁用奇点容器后，问题似乎源于缺少字体库，因为当我在Mac上仅使用conda（--use-conda）运行管道时，文本绘制正常。
奇点容器是从使用Debian GNU/Linux的this miniconda docker映像构建的。我已经设法创建了一个最小的示例管道，其中文本不会被绘制。
第一个
要绘制断开图，请运行管道

snakemake --use-conda --use-singularity

在Debian GNU/Linux上，我可能缺少哪些软件包/库来正确地用R绘制文本？

linux

来源：https://stackoverflow.com/questions/60401617/r-draws-plots-with-rectangles-instead-of-text

2条答案

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fjaof16o1#

感谢MrFlick的评论，第二个link说，在R中需要mscorefonts包来支持文本。
将mscorefonts添加到conda环境可修复此问题

# minimal.yaml
channels:
    - bioconda
    - conda-forge
    - defaults
dependencies:
    - r-base =3.6
    - r-ggplot2
    - mscorefonts

赞(0）回复(0）举报 2022-12-03

bvuwiixz2#

conda config --set always_yes yes
conda config --add channels conda-forge
conda update --all
conda install r-ggplot2 r-rmarkdown
运行这个为我修复了它

赞(0）回复(0）举报 2022-12-03

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