关于标题（“* 在R脚本中激活Conda环境 *”）的注意事项，正如您在执行python脚本之前激活python env一样，应在调用R脚本之前激活R环境。
设置2个conda环境，并使用conda run执行Python脚本和从Python调用R：

孔达环境

# base python env:
conda create -n conda_python -c conda-forge python
# base r env + httr:
conda create -n conda_r -c conda-forge r-base r-httr

测试脚本

第一次

正在执行testpy.py

(when conda_python是当前未激活的环境）

# conda run -n conda_python python testpy.py
CONDA_PREFIX (py) : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_python
-- R --
CONDA_PREFIX (R)  : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r
R .libPaths()     : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r/lib/R/library
Questions in SO : 23249251

另一种方法是使用conda嵌套激活：

py脚本替换为：

# testpy_noconda.py

import os
import subprocess
print('CONDA_PREFIX (py) :', os.environ['CONDA_PREFIX'])
subprocess.call(['Rscript', 'testr.R'] )

使用--stack选项激活两个环境并运行testpy_noconda.py：

(base): conda activate conda_python
(conda_python): conda activate --stack conda_r
(conda_r): python testpy_noconda.py
CONDA_PREFIX (py) : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r
-- R --
CONDA_PREFIX (R)  : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r
R .libPaths()     : /home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r/lib/R/library
Questions in SO : 23249325

使用环境：

(conda_r): env | grep CONDA_
CONDA_EXE=/home/marguslt/miniconda3/bin/conda
CONDA_PYTHON_EXE=/home/marguslt/miniconda3/bin/python
CONDA_SHLVL=3
CONDA_PREFIX=/home/marguslt/miniconda3/envs/conda_r
CONDA_DEFAULT_ENV=conda_r
CONDA_PROMPT_MODIFIER=(conda_r)
CONDA_PREFIX_1=/home/marguslt/miniconda3
CONDA_PREFIX_2=/home/marguslt/miniconda3/envs/conda_python
CONDA_STACKED_3=true