这里有很多遗漏的信息/混淆，例如每个文件的大小（以行为单位）可能很重要，而且您显式要求的内容不太可能是您实际需要的，因为它不包含任何对file 1的引用，指示为什么保留file 2的结果。
但猜测一些可能接近你所追求的东西。

#! /usr/bin/awk -f 

NR==FNR && !/^$/{                    # collect all file1 (no ens_id)
    n = NR;
    ch[n] = $1;
    lo[n] = $2;
    hi[n] = $3;
    # sense[n] = $4;                # could check direction as well

} 

NR!=FNR && !/^$/ {                  # each item file2
    i=last_hit;
    while(i++ < n){                 # each item in file1
                                    #  *** assume lo strictly before hi
                    

        if(($1 != ch[i]) || ($2 > hi[i]) || ($3<lo[i]) ){   # no chance
                last_hit = i-1;                             # retry with next                       
                next
        }
        else {                                              # plausible 
            if( ($2<=lo[i]) && ($3>=hi[i]) ){               # contained?
                print;                                      # hit
                last_hit = i-1;                             # in case dup hits
            }
        }  
    }
}

有很多地方会出错，但基本上你想知道;
如果您拥有的间隔（file 1）包含在file 2的命名间隔中，可能是因为您想知道file 1中间隔的引用名称。
重要的部分是当找到命中时选择打印的内容较少，
你能修好
以及如何在考虑第二个文件中的每一行时重复地在第一个文件中移动。
last_hit是一种（过早）优化，它取决于文件中排序的间隔，当您处理file 2时，它应该允许更少的file 1被重新访问。