你可以GroupBy（按ItemA，ItemB等）然后分析每组：

var mylist = mylist
  .GroupBy(item => item.Substring(0, item.IndexOf('.')))
  .Select(group => group.FirstOrDefault(item => item.EndsWith(".fa-ir.config")) 
                ?? group.FirstOrDefault(item => item.EndsWith(".config"))
                ?? group.First())
  .ToList();

我想这就是你的逻辑：DEMO解释如下

mylist = mylist 
    .Select(s => (Name:s, Culture:GetConfigCulture(s, out string[] tokens), Tokens:tokens))
    .GroupBy(x => x.Tokens.First(), StringComparer.InvariantCultureIgnoreCase)
    .Select(g => g.OrderBy(x => GetOrder(x.Culture)).First().Name)
    .ToList();

string GetConfigCulture(string name, out string[] tokens)
{
    tokens = name.Split('.');
    if(tokens.Length < 3) return null;
    return tokens[1];
}

int GetOrder(string culture)
{
    if(StringComparer.InvariantCultureIgnoreCase.Equals(culture, "fa-ir")) return 0;
    if(StringComparer.InvariantCultureIgnoreCase.Equals(culture, null)) return 1;
    return 2;
}

因此，您需要根据配置名称/路径的第一个标记删除重复项。如果存在特定于区域性的标记和一个“全局”标记，则您需要采用不带区域性的标记。如果它具有"fa-ir"区域性，则它具有优先级，并且应该采用。
因此，您需要按第一个进行分组，然后按此逻辑对每组中的项目进行排序，最后取第一个以删除其他重复项。