基于：MySQL : retrieve a large select by chunks
您也可以尝试使用LIMIT子句来撷取区块中的数据。
由于您使用的是CodeIgniter 3，下面是您可以使用它的方法。
如果联接的表具有冲突的id列名，则可能需要将不同的$orderBy * 参数#6 * 传递给getChunk(...)方法。
即：$this->getChunk(..., ..., ..., 0, 2000, "tblProgram.id");

解决方案：

<?php

class Csv_model extends CI_Model
{
    public function __construct()
    {
        parent::__construct();
        $this->load->database();
    }

    public function index()
    {
        $sql = <<< END
SELECT *
FROM `tblProgram`
JOIN `tblPlots` ON `tblPlots`.`programID`=`tblProgram`.`pkProgramID`
JOIN `tblTrees` ON `tblTrees`.`treePlotID`=`tblPlots`.`id`
END;

        $this->getChunk(function (array $chunk) {
            /*
             * Do something with each chunk here;
             * Do something with each chunk here;
             * log_message('error', json_encode($chunk));
             * */
        }, $this->db, $sql);
    }

    /*
     * Processes a raw SQL query result in chunks sending each chunk to the provided callback function.
     * */
    function getChunk(callable $callback, $DBContext, string $rawSQL = "SELECT 1", int $initialRowOffset = 0, int $maxRows = 2000, string $orderBy = "id")
    {
        $DBContext->query('DROP TEMPORARY TABLE IF EXISTS chunkable');
        $DBContext->query("CREATE TEMPORARY TABLE chunkable AS ( $rawSQL ORDER BY `$orderBy` )");

        do {

            $constrainedSQL = sprintf("SELECT * FROM chunkable ORDER BY `$orderBy` LIMIT %d, %d", $initialRowOffset, $maxRows);
            $queryBuilder = $DBContext->query($constrainedSQL);
            $callback($queryBuilder->result_array());
            $initialRowOffset = $initialRowOffset + $maxRows;

        } while ($queryBuilder->num_rows() === $maxRows);
    }

}

使用getUnbufferedRow()处理大型结果集。
getUnbufferedRow()
此方法返回单个结果行，而不像row()那样在内存中预取整个结果。如果查询有多行，它将返回当前行并将内部数据指针向前移动。

$query = $db->query("YOUR QUERY");

while ($row = $query->getUnbufferedRow()) {
    echo $row->title;
    echo $row->name;
    echo $row->body;
}

为了与MySQLi一起使用，您可以将MySQLi的结果模式设置为MYSQLI_USE_RESULT，以最大限度地节省内存。通常不建议使用此模式，但在某些情况下（如将大型查询写入csv）它可能很有用。如果您更改结果模式，请注意与其相关的权衡。

$db->resultMode = MYSQLI_USE_RESULT; // for unbuffered results

$query = $db->query("YOUR QUERY");

$file = new \CodeIgniter\Files\File(WRITEPATH.'data.csv');

$csv = $file->openFile('w');

while ($row = $query->getUnbufferedRow('array'))
{
    $csv->fputcsv($row);
}

$db->resultMode = MYSQLI_STORE_RESULT; // return to default mode

注：

使用MYSQLI_USE_RESULT时，在提取所有记录或进行freeResult()调用之前，同一连接上的所有后续调用都将导致错误。getNumRows()方法将仅返回基于数据指针当前位置的行数。MyISAM表将保持锁定，直到提取所有记录或进行freeResult()调用。
您可以选择性地传递'object'（预设值）或'array'，以指定传回值的型别：

$query->getUnbufferedRow();         // object
$query->getUnbufferedRow('object'); // object
$query->getUnbufferedRow('array');  // associative array

freeResult()
它释放与结果相关的内存并删除结果资源ID。通常PHP会在脚本执行结束时自动释放内存。但是，如果您在特定脚本中运行大量查询，您可能希望在每个查询结果生成后释放结果，以减少内存消耗。

$query = $thisdb->query('SELECT title FROM my_table');

foreach ($query->getResult() as $row) {
    echo $row->title;
}

$query->freeResult(); // The $query result object will no longer be available

$query2 = $db->query('SELECT name FROM some_table');

$row = $query2->getRow();
echo $row->name;
$query2->freeResult(); // The $query2 result object will no longer be available