哪里出了问题
你做错的地方是

$ git add .

这会将所有内容，以及foo/bar，添加到当前仓库的索引中（准备提交）。

正确的方式

如果你不这么做继续

$ git submodule add https://github.com/CarloWood/XYZ.git foo/bar

那应该可以这将检测到foo/bar是一个已经克隆的存储库，并将其作为子模块添加到当前存储库中。
请注意，不需要首先克隆。您明确地说您已经做了克隆，但是为了让其他读者清楚起见，我想指出，如果您也省略了git add .前面的克隆（因此现在根本没有foo/bar），那么上面的git submodule add ...将看到还没有任何内容，然后简单地为您克隆它。
请注意，两种方法之间有一个小的区别。如果从克隆开始，那么foo/.git将是一个目录，而如果你使用git submodule add来克隆，那么这个.git存储库被放在父项目的.git/modules/foo中，foo/.git是一个包含路径的文件。然而，由于使用.git的文件指向任何其他地方是通用的，并且可以在任何地方使用，因此没有真实的的区别;您不能从.git推断出任何内容是文件或目录。

一种方法是手动创建.gitmodules文件。
格式如下：

[submodule "path/to/submodule1"]
    path = path/to/submodule/1
    url = git@github.com:user/submodule1
[submodule "path/to/submodule2"]
    path = path/to/submodule/2
    url = git@github.com:user/submodule2

请注意，您必须运行

git submodule sync

应用更改

git submodule add会检测submosule的路径是否存在，是否包含初始化的git repo，所以不用担心这个问题。我遇到过类似的问题，所以我写了一个（hacky）脚本来处理这个问题。

#!/bin/bash
# save super directory
currentDir=`pwd`
# get all the git repos inside (except .) and format them 
# the way git does
gitDirs=`find -type d -name ".git" | sed -e 's|.git$||' -e 's|./||' -e 's|/$||' | grep -v "^$"`

for i in ${gitDirs[@]}
do
        echo "dealing with $i now"

        cd $i 
        # get the remote url for each submodule
        fetchUrl=`git remote -v | awk '/fetch/ {print $2}'`
        # for my purposes repos without remotes are useless
        # but you may have a different use case
        if [[ -z $fetchUrl ]]
        then
                echo "fetch url not found for this directory"
                continue
        else                                                      
                echo "got a fetch url of $fetchUrl for git repo $i"                                                                 
        fi                                                        

        cd $currentDir
        # make sure it isn't tracked as a submodule already                                                         
        existing=`grep -A5  $i ./.gitmodules | grep $fetchUrl`    

        if [[ -z $existing ]]                                     
        then                                                      
                echo "does not exist in .gitmodules yet, will create now"
                # if it doesn't exist yet then create it
                git submodule add $fetchUrl $i
        else
                echo "$i is already present as a submodule with fetch url: $fetchUrl"
                echo "The command we would have used is: git submodule add $fetchUrl $i"
        fi
done

为现有的存储库增加卡洛斯Answer。它已经包含其URL。您可以简单地

git submodule add $(cat repodir/.git/config  | grep url | cut -d '=' -f 2) reponame

不要使用git add添加子模块，使用git submodule add

git submodule [--quiet] add [<options>] [--] <repository> [<path>]

如果您已经克隆了存储库，只需运行

git submodule add -- "$(git -C ./sub/ remote get-url origin)" ./sub/

NB：相对路径前缀./在这里很重要...除非您指定的是绝对路径。

或者

git submodule add -- ./sub.git ./sub

如果项目使用相对URL。

1.从索引foo/bar中删除文件：git rm -f --cached foo/bar

1. git submodule add https://github.com/octocat/Spoon-Knife.git ./foo/bar

至少，如果（未来的）子模块没有递归的其他仓库/.git目录，那么下面的代码只是简单地添加了所有这些目录。（我不知道为什么我必须在命令中提供目录作为路径和“repository”，但无论如何...）

for d in $(dirname $(find -mindepth 2 -name .git)) ; do git submodule add -- ./$d/ ./$d/ ; done

您不需要先手动克隆，运行git submodule add [url] [path]后再运行git submodule update，它会为您克隆/拉取所有子模块。