为什么您的CrudRepository定义为CrudRepository<UserModel, String>？
它应该是CrudRepository<UserModel, Long>，因为UserModel实体的id是Long类型。
此外，在您提供的查询中：
@Transactional @Modifying(clearAutomatically = true) @Query("UPDATE user u SET u.internalId=:internalId WHERE u.id=:id") void markEntryAsRead(@Param("id") String id, @Param("internalId") String internalId);
您将id参数作为String传递，但在中应为int，因为在实体中您有private int id;与internalId相同。
"所以"
尝试将CrudRepository定义为CrudRepository<UserModel, Long>，并且在查询中不使用User，而使用UserModel，例如：

@Transactional
@Modifying //clearAutomatically is true by default, so there's no need to specify it
@Query("UPDATE UserModel u SET u.internalId=:internalId WHERE u.id=:id")
void markEntryAsRead(@Param("id") int id, @Param("internalId") int internalId);

@Transactional
@Modifying //clearAutomatically is true by default, so there's no need to specify it
@Query("UPDATE UserModel u SET u.name=:name WHERE u.internalId=:internalId")
public void markEntryAsRead(@Param("internalId") int internalId, @Param("name") String name);

另一种解决方案

由于使用的是CrudRepository，因此只需调用：

UserModel userModel = userRepo.findOne(id);
userModel.setInternalId(internalId);
userRepo.save(userModel);

或者，如果不是按id选择：

List<UserModel> userList = userRepo.findByName(internalId);
userList.forEach(user -> user.setName(name));
userRepo.save(userList);

userRepo为：

public interface UserRepo extends CrudRepository<UserModel, String>{

@Transactional
Long internalId(String internalId);

@Transactional
@Modifying(clearAutomatically = true)
@Query("UPDATE user u SET u.internalId=:internalId WHERE u.id=:id")
void markEntryAsRead(@Param("id") String id, @Param("internalId") String internalId);

}