您忘记初始化min和max。
因此，当您再次比较marks这两个变量时，min和max的值是垃圾，调用 Undefined Behavior。
更改此项：

int marks,i=0,max,min,sum=0;

更改为：

int marks, i = 0, max = INT_MIN, min = INT_MAX, sum = 0;

这些宏要求您包含limits.h库。
完整示例：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>
#include <limits.h>

int main()
{
    int marks, i = 0, max = INT_MIN, min = INT_MAX, sum = 0;
    float avg;
    for(i=0;i<2;i++)
    {
        printf("Input marks %d:", i + 1);
        scanf("%d",&marks);
        sum=sum+marks;
        if (marks>max)
            max=marks;
        if(marks<min)
            min=marks;
    }
    avg=sum/2;
    printf("marks:%.2f\n",avg);
    printf("max:%d\n",max);
    printf("min:%d\n",min);
    return 0;
}

对于输入1和2，给出：

Input marks 1:Input marks 2:marks:1.00
max:2
min:1

您没有初始化min和max。当您将mark与这两个变量（包含垃圾）进行比较时，代码会调用未定义的行为。
您也可以在第一次迭代期间更改初始化最小值和最大值的循环：

for(i=0;i<2;i++)
{
    printf("iNPUT marks %d:",i+1);
    scanf("%d",&marks);
    sum=sum+marks;
    
    if(i==0){ // First iteration both values are the same
       max=marks;
       min=marks;
    }
    else{
       if(marks>max)
           max=marks;
       if(marks<min)
           min=marks;
    }
}