我认为你应该显示更多的html和css，这样我们才能更清楚地看到问题是什么。然而，高度100%并没有考虑到父元素的边框和填充。试着将这些元素归零，并将导航栏中的任何其他上升元素归零：

body {
    margin: 0; padding: 0; border: 0;
}

当然也有其他的方法，比如把你的主要内容和导航栏封装在一个 Package 器元素中--让 Package 器伸展到最大高度，给予导航栏一个透明的背景，这样 Package 器元素的背景就可以显示出来;或查找 * 伪列 *. alistapart

你应该删除.ender和.endar a的高度设置。它们会强制你的导航栏高度大于窗口高度。如果你需要.ender作为样式的原因（例如，它包含某种背景），那么我会把它绝对放置在导航栏中，而不是列表中。
因此，删除：

.ender {
height: 100%;
}

.ender a {
height: 100%;
}

我还将删除body标签上自动设置的边距。

代码如下：JSfiddle

您可能会发现这篇文章很有趣：
http://webdesign.about.com/od/csstutorials/f/set-css-height-100-percent.htm
要使div为100%，其父项的高度也需要为100%。
因此，其他的例子

html, body, span2 {
   height:100%;
}

是正确的。

如果没有更多的信息，很难准确地判断出问题是什么，但似乎可以从列出的所有元素（.leftmenu除外）中删除height:100%，将html和body添加100%，然后应用重置。
即：

* {
margin: 0;
padding:0;
}

html, body {
height: 100%;
}

.leftmenu {
height: 100%;
}

您要找的是这个吗？

html, body {
  margin:0;
  padding: 0;
  height: 100%;
  overflow: hidden;
}

.leftmenu {
  width: 40%;
  margin-left: 0px;
  height: 100%;
  background: #f9f9f9;
  float: left;
}

.nav-tabs.nav-stacked {
  border-bottom: 0;
  height: 100%;
}

.ender {
  height: 100%;
}

.ender a {
  height: 100%;
}

.right-side {
  float: left;
  height: 100%;
  width: 60%;
}

<div class="span2 leftmenu">
  <ul class="nav nav-tabs nav-stacked">
    <li><a href="#">Home</a></li>
    <li><a href="#">Profile</a></li>
    <li><a href="#">Messages</a></li>
    <li><a href="#">Home</a></li>
    <li><a href="#">Profile</a></li>
    <li><a href="#">Messages</a></li>
    <li class="ender"><a></a></li>
  </ul>
</div>
<div class="right-side">
  right content
</div>