1.您在第一个循环中分配并显示未初始化的数据，但在尝试将数据读入数组之前不重置row和column，因此写入超出了界限。
1.列边界不正确（应为3，而不是numberOfBodies）。
1.阅读数据时，同时使用列索引和手动索引。由于不对列进行迭代，因此只需对列索引进行硬编码。
1.检查fscanf()是否确实读取了您期望的3个字段，否则这些变量未初始化。
1.不要释放刚刚读取的数据，因为您正在将其返回给调用方。
1.使用常量而不是硬编码幻值3。

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#define COLS 3

double **ReadInitialPositions(int numberOfBodies) {
    double **initialPositions = malloc(numberOfBodies * sizeof(double *));
    for (int row = 0; row < numberOfBodies; row++) {
        initialPositions[row] = malloc(COLS * sizeof(double));
    }

    FILE *file = fopen("initial_positions.txt", "r");
    if (!file) {
        printf("\nUnable to access the 'initial_positions.txt' file.\n");
        exit(1);
    }
    for(int row = 0; row < numberOfBodies; row++) {
        int rv = fscanf(file, "%lf %lf %lf", &initialPositions[row][0], &initialPositions[row][1], &initialPositions[row][2]);
        if(rv == EOF) break;
        if(rv != 3) {
            printf("error\n");
            break;
        }
        for (int column = 0; column < COLS; column++) {
            printf(" %lf", initialPositions[row][column]);
        }
        printf("\n");
    }
    fclose(file);
    return initialPositions;
}

int main() {
    double **d = ReadInitialPositions(5);
}

输出为：

1.000000 2.000000 3.000000
 4.000000 5.000000 6.000000
 7.000000 8.000000 9.000000
 1.000000 2.000000 3.000000
 4.000000 5.000000 6.000000

下面是一个更通用的版本，它可以计算出文件中有多少行：

#include <stdio.h>
#include <stdlib.h>

#define COLS 3

int ReadInitialPositions(const char *pathname, double (**a)[COLS], size_t *rows) {
    FILE *file = fopen(pathname, "r");
    if (!file) {
        printf("\nUnable to access the '%s' file.\n", pathname);
        return 1;
    }
    *a = NULL;
    for(*rows = 0;; (*rows)++) {
        double x, y, z;
        int rv = fscanf(file, "%lf %lf %lf", &x, &y, &z);
        if(rv == EOF) {
            break;
        }
        if(rv != 3) {
            printf("error\n");
            break;
        }
        double (*tmp)[COLS] = realloc(*a, sizeof(double[(*rows)+1][COLS]));
        if(!*tmp) {
            printf("realloc failed\n");
            fclose(file);
            return 1;
        }
        *a = tmp;
        (*a)[*rows][0] = x;
        (*a)[*rows][1] = y;
        (*a)[*rows][2] = z;
    }
    return 0;
}

int main() {
    double (*a)[COLS];
    size_t rows;
    if(ReadInitialPositions("initial_positions.txt", &a, &rows)) {
        printf("ReadInitialPositions() failed\n");
        return 1;
    }
    for(size_t row = 0; row < rows; row++) {
        for (size_t column = 0; column < 3; column++) {
            printf(" %lf", a[row][column]);
        }
        printf("\n");
    }
}