我的答案是你的程序太复杂了。

#include<stdio.h> 

int main() 
{
    unsigned num, i, zeros = 0;
    printf("Enter a decimal number: ");
    scanf("%u", &num);
    printf ("Decimal %u in binary is ", num);
    for (i=sizeof(unsigned)*8; i>0; i--)
    {
        if ((int)num < 0)           // get MSB
            zeros = printf ("1");   // cancel 0-suppresion
        else if (zeros)
            printf ("0");
        num <<= 1;
    }
    printf ("\n");
    return 0;
}

函数pow返回一个double，在小数点后可以有一个9999999...，当它被强制转换为int时，它被四舍五入到底数，你可以使用ceil（）函数来解决这个问题，它返回大于或等于参数的最小整数值，如下所示。

bin = bin + ceil(s*pow(10,(flag-1-i)));

//C Program to convert Decimal to binary using Stack

 #include<stdio.h>

 #define max 100

 int stack[max],top=-1,i,x;

         /*------ Function Prototype------------*/
  void push (int x)
  {
    ++top;
    stack [top] = x;

   }
  int pop ()
   {
    return stack[top];

   }

          /*-------------------------------------*/
  void  main()
  {
    int num, total = 0,item;
    printf( "Please enter a decimal: ");
    scanf("%d",&num);

    while(num > 0)
     {
       total = num % 2;
       push(total);
       num /= 2;
     }

    for(i=top;top>-1;top--)
    {
     item = pop ();
     printf("%d",item);
    }
  }

下面是上述程序的一个简单版本

int main(){
    int n,remainder;
    printf("Enter a decimal number:");
    scanf("%d",&n);
    while(n!=0){
        remainder = n%2;
        n = n/2;
        push(remainder); // inserting in stack
    }
    display(); // displaying the stack elements
}

参考上述代码C program to Convert Decimal number into Binary using Stack

所以我对几个数字做了计算，这似乎是正确的。我同意其他人的看法，这是不必要的复杂，但这并不是造成你的问题本身，它只是使他们更难找到。
因此，从逻辑的Angular 来看，这个程序的输出似乎是正确的。让我们看看其他潜在的问题：
1.你正在用一个初始化为-1的int来索引一个数组

• 这是一个不好的实践，也是不必要的。C中的数组索引永远不能为负，所以编译器会假设这是一个无符号数，所以如果你有一个32位处理器，它会假设你试图得到数组[2^32 - 1]，这不是你想要的。总是使用无符号值作为数组索引
• 可能发生的事情，我不确定，是你的编译器在幕后做了一些事情，这会把你的程序搞砸，这真的很难说。但它可能试图在你做加法之前把你的负数转换成一个无符号的int。通过把你的top声明改为：

无符号整数top = 0;
并更改您访问顶部的位置：

stk[++top] = n;

到

stk[top++] = n;

你还必须改变

y = stk[top];
 top = top-1;

到

top = top-1;
 y = stk[top];

我建议从这里开始，我还建议去掉电源线，单独打印数组的每一部分，因为它将以相同的方式输出，而且你已经有了所有的信息。

PRINTF("%d%d%d",stk[2],stk[1],stk[0]);