scipy中的pdist方法不支持lon、lat坐标的距离，如注解中所述。
然而，如果你想得到pdist返回的距离矩阵，你可以使用pdist方法和geopy包中提供的distance方法，pdist允许用一个带有两个参数的自定义函数（lambda函数）来计算距离。
下面是一个例子：

from scipy.spatial.distance import pdist
from geopy.distance import vincenty
import numpy as np

coordinates = np.array([[19.41133431, -99.17822823],
                        [19.434514  , -99.180934],
                        [19.380412  , -99.178789])

# Using the vincenty distance function.

m_dist = pdist(coordinates, # Coordinates matrix or tuples list
               # Vicenty distance in lambda function
               lambda u, v: vincenty(u, v).kilometers)

使用最新的Python 3，现在给出了一个弃用警告，实际上我发现this answer by @cffk更容易理解：
（为方便粘贴此处）

>>> from geopy.distance import geodesic, great_circle
>>> p1 = (31.8300167,35.0662833) # (lat, lon) - https://goo.gl/maps/TQwDd
>>> p2 = (31.8300000,35.0708167) # (lat, lon) - https://goo.gl/maps/lHrrg
>>> geodesic(p1, p2).meters
429.1676644986777
>>> great_circle(p1, p2).meters
428.28877358686776