我的python脚本使用matplotlib来绘制x,y,z数据集的2D“热图”,x和y值代表蛋白质中的氨基酸残基,因此只能是整数,当我放大图时,它看起来像这样:
正如我所说,x-y轴上的浮点值对我的数据没有意义,因此我希望它看起来像这样:
有什么想法如何实现这一点吗?这是生成情节的代码:
def plotDistanceMap(self):
# Read on x,y,z
x = self.currentGraph['xData']
y = self.currentGraph['yData']
X, Y = numpy.meshgrid(x, y)
Z = self.currentGraph['zData']
# Define colormap
cmap = colors.ListedColormap(['blue', 'green', 'orange', 'red'])
cmap.set_under('white')
cmap.set_over('white')
bounds = [1,15,50,80,100]
norm = colors.BoundaryNorm(bounds, cmap.N)
# Draw surface plot
img = self.axes.pcolor(X, Y, Z, cmap=cmap, norm=norm)
self.axes.set_xlim(x.min(), x.max())
self.axes.set_ylim(y.min(), y.max())
self.axes.set_xlabel(self.currentGraph['xTitle'])
self.axes.set_ylabel(self.currentGraph['yTitle'])
# Cosmetics
#matplotlib.rcParams.update({'font.size': 12})
xminorLocator = MultipleLocator(10)
yminorLocator = MultipleLocator(10)
self.axes.xaxis.set_minor_locator(xminorLocator)
self.axes.yaxis.set_minor_locator(yminorLocator)
self.axes.tick_params(direction='out', length=6, width=1)
self.axes.tick_params(which='minor', direction='out', length=3, width=1)
self.axes.xaxis.labelpad = 15
self.axes.yaxis.labelpad = 15
# Draw colorbar
colorbar = self.figure.colorbar(img, boundaries = [0,1,15,50,80,100],
spacing = 'proportional',
ticks = [15,50,80,100],
extend = 'both')
colorbar.ax.set_xlabel('Angstrom')
colorbar.ax.xaxis.set_label_position('top')
colorbar.ax.xaxis.labelpad = 20
self.figure.tight_layout()
self.canvas.draw()
4条答案
按热度按时间watbbzwu1#
这应该更简单:
(from https://scivision.co/matplotlib-force-integer-labeling-of-axis/)
Read the official docs: https://matplotlib.org/stable/api/ticker_api.html#matplotlib.ticker.MaxNLocator
hof1towb2#
下面的解决方案通过简单地将索引
i
转换为string来实现:5anewei63#
jk9hmnmh4#
根据modifying tick labels的答案,我想出了一个解决方案,不知道它是否会在您的情况下工作,因为您的代码片段不能在自己执行。
其思想是将刻度标签强制为0.5的间距,然后将每个0.5刻度替换为整数刻度,将其他刻度替换为空字符串。
如果你想缩小很多,这将需要一些额外的照顾,因为这一个产生了一个非常密集的一组刻度标签然后。