我也有同样的问题：在本地运行良好，但在TeamCity代理上失败。
我的测试项目通过nuget引用了Microsoft.Owin.Host.HttpListener
对我有效的方法是在启动Web应用程序之前显式加载Microsoft.Owin.Host.HttpListener dll。

// load assembly
AppDomain.CurrentDomain.Load(typeof(Microsoft.Owin.Host.HttpListener.OwinHttpListener).Assembly.GetName());

我找到了这个问题的解决方案，我希望它有帮助：

var url = "https://example.com";
var options = new StartOptions(url);
options.ServerFactory = typeof(OwinServerFactory).AssemblyQualifiedName;
myHost = WebApp.Start<Startup>(options);

它无需将 Microsoft.Owin.Host.HttpListener.dll 复制到bin目录即可工作。

我在我的Powershell脚本中遇到了这个问题，该脚本迭代我们所有的解决方案，并使用MSBuild构建它们，然后在所有测试项目上调用MSTest。该脚本用于在提交到TFS之前在本地构建和测试所有解决方案。在VS中运行测试时不会出现这个问题。我相信这与this question有关。
在测试初始化过程中，将以下代码放在调用WebApp.Start（“http：//*：52203/”）之前。

// This uber silly code is needed to ensure the Owin HttpListener assembly 
// is properly copied to the output directory by using it, utterly redonkulous.
var uberSillyNecessity = typeof(OwinHttpListener);
if (uberSillyNecessity != null) { }