我想创建一个冲积图，显示两个条件之间的细胞通量。我使用的是来自元数据seurat对象的数据。
我的数据：
meta= data.frame(cell= rownames(seurat@meta.data), geno= seurat$genotype, cluster= seurat$seurat_cluster, num= 1:length(rownames(seurat@meta.data)))
head(meta)
cell geno cluster num
KO_d8_r1_AAACAGCCAACCCTAA-1 KO_d8_r1_AAACAGCCAACCCTAA-1 KO_d8 6 1
KO_d8_r1_AAACAGCCAGGAACAT-1 KO_d8_r1_AAACAGCCAGGAACAT-1 KO_d8 1 2
KO_d8_r1_AAACAGCCATGTTGCA-1 KO_d8_r1_AAACAGCCATGTTGCA-1 KO_d8 1 3
KO_d8_r1_AAACATGCATAGCGGA-1 KO_d8_r1_AAACATGCATAGCGGA-1 KO_d8 1 4
KO_d8_r1_AAACCAACATGGCCTG-1 KO_d8_r1_AAACCAACATGGCCTG-1 KO_d8 3 5
KO_d8_r1_AAACCGAAGGGCTTAT-1 KO_d8_r1_AAACCGAAGGGCTTAT-1 KO_d8 5 6
tail(meta)
cell geno cluster num
WT_d8_r2_TTTGTCCCAATCCCTT-1 WT_d8_r2_TTTGTCCCAATCCCTT-1 WT_d8 4 6598
WT_d8_r2_TTTGTCTAGGATCACT-1 WT_d8_r2_TTTGTCTAGGATCACT-1 WT_d8 5 6599
WT_d8_r2_TTTGTGAAGTTAGAGG-1 WT_d8_r2_TTTGTGAAGTTAGAGG-1 WT_d8 1 6600
WT_d8_r2_TTTGTGGCACAACCTA-1 WT_d8_r2_TTTGTGGCACAACCTA-1 WT_d8 6 6601
WT_d8_r2_TTTGTGTTCCTTGAGG-1 WT_d8_r2_TTTGTGTTCCTTGAGG-1 WT_d8 0 6602
WT_d8_r2_TTTGTTGGTAGCCTAA-1 WT_d8_r2_TTTGTTGGTAGCCTAA-1 WT_d8 4 6603我的代码：
ggplot(meta,
aes(x = geno, stratum = cluster, alluvium = num, y = cluster,
fill = num, label = cluster)) +
scale_x_discrete(expand = c(.1, 0)) +
geom_flow(width = 1/4) +
geom_stratum(alpha = .5, width = 1/4) +
geom_text(stat = "stratum", size = 4) +
theme(legend.position = "none") +
ggtitle("flux of cells")我的输出：
但是冲积层，如你所见，没有显示细胞的流动，有什么建议吗？
1条答案
按热度按时间kxkpmulp1#
简介
我认为您所面临的问题更多的是如何定义
alluvium参数。该参数应该与右地层和左地层之间的信息流有关。因此，它应该为您的数据的每一行定义冲积层类别。例如，一类是冲积层（流）在“KO_d8”中的群集0和“WT_d8”中的群集1之间。此处num列似乎（用于定义冲积层）不代表冲积层。在所表示的数据中，我看不出两个地层之间的联系是什么，也就是说，是什么将线条（或细胞;）属于“KO_d8”基因型，其余为“WT_d8”基因型。
知道了这一点，只能有两种情况：
1.“KO_d8”中的单元格与“WT_d8”中的单元格之间确实存在链接
1.“KO_d8”中的单元格与“WT_d8”中的单元格之间没有链接
案例编号1：
在这种情况下，你必须找到定义两个类别中单元格之间链接的列，然后，你可以按照ggalluvial小插图（链接）中的描述复制长形冲积层。
案例编号2：
在这种情况下，我想您只需要可视化聚类的内部比例在两种分层条件下如何变化。
在这里，冲积层仅将地层“KO_d8”中的第
x个聚类与地层“WT_d8”中的第x个聚类连接起来，而x的取值范围为0~13。为此，您需要以正确的格式处理数据。
因此，您可以将冲积层绘制为：