“Entidad”有两个图例，因为它Map到两个美学元素-shape和color。要删除美学图例（在您的情况下，上面的图例是shape），只需添加（使用+）

guides(shape = FALSE)

scale_color_manual中的颜色遵循因子的顺序，因此如果您希望“ZIPAQUIR α”（第二个因子，它们是字母表，与您为breaks指定的顺序无关）为蓝色，请将蓝色作为第二种颜色，如下所示：

scale_color_manual(values=c(rgb(58, 170, 53, maxColorValue = 255), 
                              rgb(0,81,160, maxColorValue = 255)),
                     breaks = c("ZIPAQUIRÁ", "Nacional"))

一些模拟数据使其可重现：

set.seed(123)
entidad <- data.frame(Año = c(2016, 2016, 2017, 2017, 2018, 2018, 2019, 2019),
                      promedio = as.integer(runif(8, 200, 300)),
                      desviación = as.integer(runif(8, 25, 50)),
                      Entidad = rep(c("ZIPAQUIRÁ", "Nacional"), 2))

ggplot(entidad, aes(
  x = Año,
  y = promedio,
  group = Entidad,
  color = Entidad
)) +
  geom_point(aes(shape = Entidad),
             size = 3,
             position = position_dodge(0.2)) +
  geom_errorbar(
    aes(
      ymin = promedio - desviación,
      ymax = promedio + desviación,
      color = Entidad
    ),
    width = 0.4,
    position = position_dodge(0.2)
  ) +
  ylim(150, 350) + xlim(2015.7, 2019.3) +
  geom_text(data = entidad[entidad$Entidad == "ZIPAQUIRÁ", ],
            aes(label = promedio, y = promedio),
            hjust = 1.8) +
  geom_text(data = entidad[entidad$Entidad == "Nacional", ],
            aes(label = promedio, y = promedio),
            hjust = -0.9) +
  geom_text(
    data = entidad[entidad$Entidad == "ZIPAQUIRÁ", ],
    aes(label = paste("(", desviación, ")"), y = promedio),
    hjust = 1.5,
    vjust = 2
  ) +
  geom_text(
    data = entidad[entidad$Entidad == "Nacional", ],
    aes(label = paste("(", desviación, ")"), y = promedio),
    hjust = -0.45,
    vjust = 2
  ) +
  scale_color_manual(values = c(
    rgb(58, 170, 53, maxColorValue = 255),
    rgb(0, 81, 160, maxColorValue = 255)
  ),
  breaks = c("ZIPAQUIRÁ", "Nacional")) +
  theme(
    panel.background = element_rect(
      fill = "white",
      colour = rgb(198,
                   198,
                   198,
                   maxColorValue = 255),
      size = 1,
      linetype = "solid"
    ),
    panel.grid.minor = element_line(
      size = 0.1,
      linetype = 'dashed',
      colour = rgb(198, 198, 198,
                   maxColorValue = 255)
    )
  ) +
  guides(shape = FALSE)