转换要应用的for循环

dw1jzc5e 于 2022-12-20 发布在其他

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我试图运行一个基因表达数据的方差分析测试。

这是我的数据框架的样子。行是单个单元格，列是基因。值是基因表达值。第一列是每个单元格对应的BMI组。我试图做的基本上是找到3个不同BMI组之间差异表达的基因。
我写了一个for循环，但是因为我有28519列，所以我想使用apply函数。

for (i in 2:ncol(a.data)) {
    formula <- paste(colnames(a.data)[i], baseformula, sep="")
    p <- summary(aov(as.formula(formula), data=a.data))[[1]][["Pr(>F)"]][1]
    ANOVA.table <- c(ANOVA.table,p)
}

我在想我能不能把它转换成一个应用函数。

来源：https://stackoverflow.com/questions/74766381/convert-for-loop-to-apply

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flseospp1#

假设您的代码可以正常工作，您的代码将类似于：
（编辑）

index <- 2:ncol(a.data)

ANOVA.table <- sapply(index, function(i) {
                      formula <- paste(colnames(a.data)[i], baseformula, sep="")
                     summary(aov(as.formula(formula), 
                                data=a.data))[[1]][["Pr(>F)"]][1]

})

- 免责声明：我没有测试这段代码，只是根据代码的呈现方式编写了这段代码。**

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