加快Numpy数组的迭代速度

xmq68pz9  于 2022-12-23  发布在  其他
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我正在使用Numpy执行图像处理,特别是运行标准差拉伸。这读入X列,找到标准差,并执行百分比线性拉伸。然后迭代到下一个列“组”,并执行相同的操作。输入图像是一个1GB,32位,单波段光栅,需要相当长的时间来处理(小时)。下面是代码。
我意识到我有3个嵌套的for循环,这可能是瓶颈出现的地方。如果我在“盒子”中处理图像,也就是说加载一个[500,500]的数组并迭代图像处理时间相当短。不幸的是,相机错误要求我在极长的条带(52,000 x 4)(y,x)中迭代,以避免条带化。
如有任何关于加快这一进程的建议,我们将不胜感激:

def box(dataset, outdataset, sampleSize, n):

    quiet = 0
    sample = sampleSize
    #iterate over all of the bands
    for j in xrange(1, dataset.RasterCount + 1): #1 based counter

        band = dataset.GetRasterBand(j)
        NDV = band.GetNoDataValue()

        print "Processing band: " + str(j)       

        #define the interval at which blocks are created
        intervalY = int(band.YSize/1)    
        intervalX = int(band.XSize/2000) #to be changed to sampleSize when working

        #iterate through the rows
        scanBlockCounter = 0

        for i in xrange(0,band.YSize,intervalY):

            #If the next i is going to fail due to the edge of the image/array
            if i + (intervalY*2) < band.YSize:
                numberRows = intervalY
            else:
                numberRows = band.YSize - i

            for h in xrange(0,band.XSize, intervalX):

                if h + (intervalX*2) < band.XSize:
                    numberColumns = intervalX
                else:
                    numberColumns = band.XSize - h

                scanBlock = band.ReadAsArray(h,i,numberColumns, numberRows).astype(numpy.float)

                standardDeviation = numpy.std(scanBlock)
                mean = numpy.mean(scanBlock)

                newMin = mean - (standardDeviation * n)
                newMax = mean + (standardDeviation * n)

                outputBlock = ((scanBlock - newMin)/(newMax-newMin))*255
                outRaster = outdataset.GetRasterBand(j).WriteArray(outputBlock,h,i)#array, xOffset, yOffset

                scanBlockCounter = scanBlockCounter + 1
                #print str(scanBlockCounter) + ": " + str(scanBlock.shape) + str(h)+ ", " + str(intervalX)
                if numberColumns == band.XSize - h:
                    break

                #update progress line
                if not quiet:
                    gdal.TermProgress_nocb( (float(h+1) / band.YSize) )

以下是最新情况:在没有使用profile模块的情况下,因为我不想把代码的一小部分打包成函数,所以我使用了print和exit语句的混合来大致了解哪些行占用了最多的时间,幸运的是(我确实理解我有多幸运)有一行把所有的东西都拖了下来。

outRaster = outdataset.GetRasterBand(j).WriteArray(outputBlock,h,i)#array, xOffset, yOffset

GDAL在打开输出文件和写出数组时效率很低,考虑到这一点,我决定将修改后的数组“outBlock”添加到python列表中,然后写出块,下面是我修改的部分:
outputBlock刚刚被修改...

#Add the array to a list (tuple)
            outputArrayList.append(outputBlock)

            #Check the interval counter and if it is "time" write out the array
            if len(outputArrayList) >= (intervalX * writeSize) or finisher == 1:

                #Convert the tuple to a numpy array.  Here we horizontally stack the tuple of arrays.
                stacked = numpy.hstack(outputArrayList)

                #Write out the array
                outRaster = outdataset.GetRasterBand(j).WriteArray(stacked,xOffset,i)#array, xOffset, yOffset
                xOffset = xOffset + (intervalX*(intervalX * writeSize))

                #Cleanup to conserve memory
                outputArrayList = list()
                stacked = None
                finisher=0

Finisher只是一个处理边缘的标志。它花了一些时间来弄清楚如何从列表中构建一个数组。其中,使用numpy.array创建了一个三维数组(有人愿意解释一下为什么吗?)而write array需要一个二维数组。总处理时间现在从不到2分钟到5分钟不等。你知道为什么会存在这个时间范围吗?
非常感谢每个发帖的人!下一步是真正进入Numpy,学习矢量化以进行额外的优化。

6ie5vjzr

6ie5vjzr1#

加快numpy数据操作的一种方法是使用vectorize。实际上,vectorize接受一个函数f,并创建一个新函数g,该函数将fMap到一个数组a上。g的调用如下:g(a).

>>> sqrt_vec = numpy.vectorize(lambda x: x ** 0.5)
>>> sqrt_vec(numpy.arange(10))
array([ 0.        ,  1.        ,  1.41421356,  1.73205081,  2.        ,
        2.23606798,  2.44948974,  2.64575131,  2.82842712,  3.        ])

在没有可用数据的情况下,我不能肯定这是否有用,但也许你可以将上面的代码重写为一组可以是vectorized的函数,也许在这种情况下,你可以将索引数组向量化为ReadAsArray(h,i,numberColumns, numberRows),下面是一个潜在好处的例子:

>>> print setup1
import numpy
sqrt_vec = numpy.vectorize(lambda x: x ** 0.5)
>>> print setup2
import numpy
def sqrt_vec(a):
    r = numpy.zeros(len(a))
    for i in xrange(len(a)):
        r[i] = a[i] ** 0.5
    return r
>>> timeit.timeit(stmt='a = sqrt_vec(numpy.arange(1000000))', setup=setup1, number=1)
0.30318188667297363
>>> timeit.timeit(stmt='a = sqrt_vec(numpy.arange(1000000))', setup=setup2, number=1)
4.5400981903076172

15倍的加速!还要注意numpy slicing对ndarray s的边缘处理得很好:

>>> a = numpy.arange(25).reshape((5, 5))
>>> a[3:7, 3:7]
array([[18, 19],
       [23, 24]])

因此,如果可以将ReadAsArray数据放入ndarray,就不必进行任何边缘检查。
关于您关于整形的问题--整形根本不会改变数据,它只是改变了numpy索引数据的"步幅",当您调用reshape方法时,返回的值是数据的新视图;根本不复制或更改数据,也不复制或更改包含旧步幅信息的旧视图。

>>> a = numpy.arange(25)
>>> b = a.reshape((5, 5))
>>> a
array([ 0,  1,  2,  3,  4,  5,  6,  7,  8,  9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16,
       17, 18, 19, 20, 21, 22, 23, 24])
>>> b
array([[ 0,  1,  2,  3,  4],
       [ 5,  6,  7,  8,  9],
       [10, 11, 12, 13, 14],
       [15, 16, 17, 18, 19],
       [20, 21, 22, 23, 24]])
>>> a[5]
5
>>> b[1][0]
5
>>> a[5] = 4792
>>> b[1][0]
4792
>>> a.strides
(8,)
>>> b.strides
(40, 8)
sqougxex

sqougxex2#

已按要求答复。
如果IO受限,则应将读/写分块。尝试将约500 MB的数据转储到一个ndarray,处理所有数据,将其写出,然后获取下一个约500 MB的数据。确保重用ndarray。

wvmv3b1j

wvmv3b1j3#

我不想完全理解你在做什么,但我注意到你没有使用任何numpy slice或数组广播,这两种方法都可以加快代码的速度,或者至少可以使代码更可读。如果这些与你的问题无关,我很抱歉。

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