在更新到Xcode 8 GM后，我也面临着同样的警告，超过350个。其中大部分都是资产目录中的.swift文件和图像。
这基本上是一个源代码控制问题，似乎主要出现在移动/删除项目文件的时候。这些要么是新的警告，要么就是Xcode 8对源代码控制的要求比Xcode 7严格得多。
在谷歌上搜索后，我找到了一些答案，但对我来说似乎很复杂，例如使用命令行，甚至建议关闭源代码控制并重新打开。
以下是我所有项目中行之有效的方法。

捷径

先试试这个，如果不起作用，那就走远路吧

**1）**转到“源代码管理”菜单（窗口和帮助旁边的顶部菜单），然后单击“刷新状态
**2）**再次转到“源代码管理”菜单，然后单击“提交
**3）**提交窗口会打开，显示Xcode认为需要的所有提交。所以只需在文本框中输入一个提交，然后按提交按钮。

重复步骤1-3，直到打开提交菜单时Xcode不再选择任何项目。在提交Xcode自动选择的所有项目之前，不要转到步骤4，否则在执行步骤4时可能会出错。

**4）**再次打开提交窗口，如第3步所述，Xcode应该不会再选择任何项目。但是你仍然会在左侧栏看到一些导致警告信息的项目。

右键点击一个项目，然后点击全选，在文本框中输入一个提交，然后点击提交按钮。所有操作都应该完成，警告/错误应该消失（可选地再次点击提交菜单-〉刷新状态）。
如果没有完成，则关闭/重新打开Xcode，然后重做步骤1-4。
如果这也不起作用，那么漫长的道路应该解决它。

漫漫长路

如果你使用源代码管理并定期提交，那么你可以选择执行步骤1，然后你应该能够直接进入步骤11。

**1）**清除xCode派生数据（可选）

您通常不需要这样做，所以在第一次尝试时跳过此步骤，转到步骤3。
进入Xcode首选项，点击“位置”标签，然后进入高级。点击高级按钮旁边的小箭头打开派生文件夹的路径。完全关闭Xcode，然后删除派生文件夹中的所有内容。
正如成员Krivvenz在他的回答中友好地指出的，你可能必须选择这样做。我自己没有这样做，所以也许跳过这个，只有在它不起作用时才尝试。
“我还必须将DerivedData选项从相对更改为自定义，可以在Xcode〉首选项〉位置选项卡中找到。”

**2）**重新启动Xcode项目并等待索引完成。这可能需要几分钟时间，因为您刚刚删除了派生数据。
**3）**转到“源代码管理”菜单（窗口和帮助旁边的顶部菜单），然后单击“刷新状态
**4）**再次转到“源代码管理”菜单，然后单击“提交
**5）**提交窗口应该打开所有Xcode认为必要的提交。我有超过250个，因为我以前从来没有使用过源代码管理。
**6）**单击右下角的提交更改
**7）**出现错误，操作未完成（如果适用，请转到11）
**8）**转到“源代码管理”菜单，然后单击“刷新状态
**9）**转到源代码管理并单击“提交
**10）**点击右下角的commit changes。这次它建议少提交30次，我没有错误。如果你第二次尝试时仍然有错误，尝试完全关闭Xcode，然后重新打开它，然后重复这一步。
**11）**转到“源代码管理”菜单，然后单击“刷新状态
**12）**转到“源代码管理”菜单并单击“提交
**13）**这一次Xcode不建议做任何修改，但是你仍然会在左边的提交菜单中看到很多文件（未勾选）。就是这些文件抛出了工作副本警告，这些警告也应该还在那里。
**14）**在提交菜单的左边栏中选择每一个文件。你可以右键单击并点击全部选中
**15）**单击右下角的“提交更改
**16）**我遇到一个错误，操作没有完成。所以我再试了一次，还是同样的错误，所以我关闭了提交菜单。如果它为你完成了，那也没关系。
**17）**转到“源代码管理”菜单，然后单击“刷新状态

所有的警告都消失了。

**18）**完全关闭项目和Xcode
**19）**再次打开您的项目
**20）**转到“源代码管理”菜单，然后单击“刷新状态
**21）**转到“源代码管理”菜单并单击“提交
**22）**我突然又收到了150多条建议。确保所有建议都被选中，然后点击提交，它应该会完成而没有错误。
**23）**清理您的项目（产品-〉清理）
**24）**进入源代码管理菜单并点击提交。这里不需要任何修改，左边栏中也不应该有任何文件。

在这一切之后，我没有更多的警告，不需要删除源代码管理，一切都像往常一样工作。

如果你在未来得到更多的错误，比如说因为你再次移动了一个文件，而不仅仅是再次提交，确保所有的内容都被选中。

这是XCode中的一个bug。当你git提交你的项目树时，缺少文件的警告就会消失。

我在父文件夹中有一个rogue .git文件夹，它没有“转到”任何位置-
在“源代码控制”菜单下验证所有“工作副本”* 是否实际连接到真实的的源代码控制文件夹 *

• 没有 * 这些'解决方案'为我工作，除了这个删除流氓.git文件夹

从终端删除DerivedData和git add .，即使没有提交，也为我解决了这个问题。

只需显示所有隐藏文件，然后删除git文件夹打开终端并运行此命令来显示所有隐藏文件“defaults write com.apple.finder AppleShowAllFiles YES killall Finder”

请按照以下步骤操作。
1.打开svn或源代码树.
1.这些文件会送到那里。
1.从源代码树或svn中删除这些文件.
1.现在来看看xcode项目。
1.现在提交代码一次。所有警告

我通过删除“yourProject”/Pods中的**.git目录解决了这个问题。并且可以删除“yourProject”主目录中的.git目录**。

我想我现在已经解决了这个问题，删除了我的DerivedData文件夹的所有示例，并按照crashoverride777的指示。我还必须将我的DerivedData选项从相对更改为自定义，可以在Xcode〉Preferences〉Locations Tab中找到。

我从我的项目目录中删除了旧的模型对象，问题解决了。