ggsave ggsurvplot with risk.table(保存带有风险的ggsurvplot)

bgtovc5b 于 2022-12-25 发布在其他

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我试着用ggsave保存一个ggsurvplot。但是，ggsave的输出总是risk.table。我也试过this和this。没有一个工作。

library(data.table)
library(survival)
library(survminer)

OS <- c(c(1:100), seq(1, 75, length = 50), c(1:50))
dead <- rep(1, times = 200)
variable <- c(rep(0, times = 100), rep(1, times = 50), rep(2, times = 50))

dt <- data.table(OS = OS,
                 dead = dead,
                 variable = variable)

survfit <- survfit(Surv(OS, dead) ~ variable, data = dt)

ggsurvplot(survfit, data = dt,
           risk.table = TRUE)

ggsave("test.png")

来源：https://stackoverflow.com/questions/74887512/ggsave-ggsurvplot-with-risk-table

1条答案

按热度按时间

gr8qqesn1#

主要问题是ggsurvplot对象是一个绘图列表，因此，当使用ggsave时，只保存列表的最后一个绘图或元素。
关于这个主题已经有一个GitHub问题，有几个解决方案，例如，使用最近的一个建议，这对我来说很好

library(survival)
library(survminer)

OS <- c(c(1:100), seq(1, 75, length = 50), c(1:50))
dead <- rep(1, times = 200)
variable <- c(rep(0, times = 100), rep(1, times = 50), rep(2, times = 50))

dt <- data.frame(OS = OS,
                 dead = dead,
                 variable = variable)

survfit <- survfit(Surv(OS, dead) ~ variable, data = dt)

# add method to grid.draw
grid.draw.ggsurvplot <- function(x){
  survminer:::print.ggsurvplot(x, newpage = FALSE)
}

p <- ggsurvplot(survfit, data = dt, risk.table = TRUE)

ggsave("test.png", p, height = 6, width = 6)

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