您是正确的：树过滤器或索引过滤器将是用git filter-branch完成此操作的方式。
树过滤器更简单，但速度慢得多（很容易慢10到100倍）。树过滤器的工作方式是，您提供的命令在一个临时目录中运行，该目录包含且仅包含原始目录中存在的所有文件（现在被复制）提交。任何你的命令留下的文件，保留在复制的提交中。任何你的命令在临时目录中创建的文件，（你可以在临时目录中创建或删除目录，但这两种方式都不起作用，因为Git只存储文件。）因此，要删除除A和B之外的所有文件，请编写一个命令，删除除A或B之外的所有文件：

find . -name A -prune -o -name B -prune -o -print0 | xargs -0 rm

例如。
索引过滤器更难，但速度更快，因为Git不需要复制所有的文件到文件树，然后重新扫描文件树来建立一个新的索引，以复制原始提交。相反，它只提供一个索引，然后你可以使用git rm -rf --cached --ignore-unmatch或git update-index等命令来操作它。现在你所拥有的工具只有Git中那些操作索引的工具，没有花哨的Unix find命令。
当然，你有git ls-files，它读取索引的当前内容，因此你可以用任何你喜欢的语言编写一个程序（这里我可能会首先使用Python，其他人可能会从Perl开始），它本质上是：

for (all files in the index)
    if (file name starts with 'A/' or 'B/')
        do nothing
    else
        add to removal list
invoke "git rm --cached" on paths in removal list

如果你愿意相信没有文件名有一个嵌入式换行符，以上可以在常规shell中完成：

git ls-files | IFS=$'\n' while read path; do
    case "$path" in A/*|B/*) continue;; esac
    git rm --cached "$path"
done

这并不是非常高效（每个路径一个git rm --cached!），但应该作为--index-filter "开箱即用"。
（未经测试，但可能有效，而且效率应该更高：将git ls-files输出通过grep -v以移除所需文件，并将grep输出通过管道传输到git update-index --force-remove --stdin。这仍然假设路径名中没有换行符。）

对于 files，我已经用git fast-export做了这个，但是我不确定它是否能递归地工作在目录上，所以我建议使用git fast-export和find的组合。

git fast-export HEAD -- `find foo/a bar/x/y -type f` >../myfiles.fi

然后创建一个新的存储库，并导入流。

git init
 git fast-import <../myfiles.fi

一种更新且更好的实现方法是使用filter-repo。

git filter-repo --path foo/a --path bar/x/y

filter-branch现在在其文档中建议不使用（此处为版本2.30.0）：
警告
git filter-branch有太多的缺陷，可能会对预期的历史重写产生不明显的破坏（而且可能会让您几乎没有时间调查此类问题，因为它的性能如此糟糕）。这些安全和性能问题无法向后兼容修复，因此，不建议使用它。请使用其他历史记录筛选工具，如git filter-repo[1]。如果仍需要使用git filter-branch，请仔细阅读“安全”一节（以及“性能”一节），了解过滤器分支的地雷，然后警惕地尽可能避免其中列出的危险。

经过多次失败的尝试后，我终于用git filter-repo解决了这个问题，这要归功于@Ken的回答和方法3：https://www.baeldung.com/git-remove-file-commit-history#using-git-filter-repo
其他的答案对我来说不合适，或者只是简单的混乱。特别是，没有一个filter-branch选项对我有效。

git clone <remoteA-URL>
cd <repo>

# If you want to push results to a new repo, uncomment these two lines:
#git remote rm origin
#git remote add origin <remoteB-URL>

# not sure this is necessary, but the resource above recommends it
git filter-repo --analyze

# Rewrite the commit history of the repo,
# recalculating hashes etc, removing all files, commits,
# and even partial commit-data not associated w/ the listed dirs
git filter-repo --force --path keepDir0 --path keepDir1
git push origin <branch>

请注意，根据官方git文档，git filter-repo比git filter-branch更可取：https://git-scm.com/docs/git-filter-branch