复制阵列有两种很好的方法，即使用clone和System.arraycopy()。
以下是如何将克隆用于2D用例：

int [][] myInt = new int[matrix.length][];
for(int i = 0; i < matrix.length; i++)
    myInt[i] = matrix[i].clone();

对于System.arraycopy（），可以用途：

int [][] myInt = new int[matrix.length][];
for(int i = 0; i < matrix.length; i++)
{
  int[] aMatrix = matrix[i];
  int   aLength = aMatrix.length;
  myInt[i] = new int[aLength];
  System.arraycopy(aMatrix, 0, myInt[i], 0, aLength);
}

我没有基准测试，但我可以用我的2 cents打赌，它们比自己做更快，更不容易出错，特别是System.arraycopy()，因为它是用本机代码实现的。

在Java 8中可以使用流来复制2D数组。

@Test
public void testCopy2DArray() {
   int[][] data = {{1, 2}, {3, 4}};
   int[][] dataCopy = Arrays.stream(data)
             .map((int[] row) -> row.clone())
             .toArray((int length) -> new int[length][]);

   assertNotSame(data, dataCopy);
   assertNotSame(data[0], dataCopy[0]);
   assertNotSame(data[1], dataCopy[1]);

   dataCopy[0][1] = 5;
   assertEquals(2, data[0][1]);
   assertEquals(5, dataCopy[0][1]);
}

您没有初始化本地二维数组。

int[][] myInt = new int[matrix.length][];
for(int i = 0; i < matrix.length; i++)
{
  myInt[i] = new int[matrix[i].length];
  for (int j = 0; j < matrix[i].length; j++)
  {
    myInt[i][j] = matrix[i][j];
  }
}

如果数据量很大，你应该考虑使用一个合适的线性代数库，比如colt或nd4j。System.arraycopy可能只有在数组是一维的情况下才会有意义地更快，否则它无法将整个数据作为一个单元复制，然后将其重新整形为numpy或R。

你也可以像这样编写代码myInt = matrix.clone（）;