您需要将alerts表引用作为FROM移动到subselect中。
我还建议使用AS text()而不是AS data()（或者完全省略）来避免不需要的空格，使用STUFF()而不是SUBSTRING()来去掉前导逗号，额外的嵌套SELECT也是不需要的。

select DISTINCT
    a.ResourceAbbreviation1, a.AppointmentType, a.StatusNum, c.sLastName,
    pt.Name, pt.WeightString, pt.AgeShort, pt.Breed, pt.Species, pt.Gender, pt.NewPatient,
    STUFF((
        select ',' + al.stext AS 'text()'
        from alerts al 
        where al.kpatientid = pt.IDPatient
        FOR XML PATH('')
        ), 1, 1, '') as cautions,
    pt.Classification,
    p.kPatientId
from dbo.entpatients pt
join dbo.PatientCheckIns P
    on pt.IDPatient=p.kPatientId
join dbo.EntAppointments a 
    on a.IDPatient = p.kPatientId
join dbo.clients c 
    on c.kID=a.IDClient
where cast (a.StartTime as date) = cast(getdate() as date)
and a.StatusNum=4;

如果您的警报文本可能包含特殊的XML字符（如〈、〉或&），而这些字符可能会被编码，那么我建议您使用一个稍微修改过的表单，使用.value()函数来提取连接的文本。

STUFF((
        select ',' + al.stext AS 'text()'
        from alerts al 
        where al.kpatientid = pt.IDPatient
        FOR XML PATH(''), TYPE
        ).value('text()[1]','nvarchar(max)'), 1, 1, '') as cautions,

这样可以避免在结果中看到<、>和&之类的编码。
如果您使用的是SQL Server 2017或更高版本，您还可以切换到相对较新的STRING_AGG()函数。

(
        select STRING_AGG(',', al.stext)
        from alerts al 
        where al.kpatientid = pt.IDPatient
    ) as cautions,

我还要回顾一下您对DISTINCT的需求。在某些情况下，当您有意希望查询返回希望消除的重复行时，使用DISTICT是合适的。例如，如果您知道同一个患者可能多次访问相同的选定数据，则DISTICT可能是合适的。但是，如果您不知道原因而将其放入以消除重复，这可能是欠约束连接或其他逻辑问题的迹象，需要进一步检查。