如何使用R查询PostgreSQL中嵌套的JSONB格式数据列？

ruyhziif 于 2022-12-26 发布在 PostgreSQL

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我在jsosnb列的多行中有不同样本的基因表达数据，如下所示：

Sample       Gexp
Sample A    {"data": [{"pval": 0.0154, "Protein": "A0A0B4J2D5", "FoldChange": 1.3534, "MinusLog10p": 0.1334, "Significance": "Non-significant"}, {"pval": 0.0689, "Protein": "A0FGR8", "FoldChange": 2.5448, "MinusLog10p": 1.1615, "Significance": "Significant"}]}
Sample B    {"data": [{"pval": 0.0824, "Protein": "A0A0B4J2D5", "FoldChange": -0.1676, "MinusLog10p": 0.1084, "Significance": "Non-significant"}, {"pval": 0.0219, "Protein": "A0FGR8", "FoldChange": 2.3448, "MinusLog10p": 1.1615, "Significance": "Significant"}]}

我需要查询包含多个记录的列，其中某个蛋白质的pval或FoldChange在某个范围内。我尝试了这个论坛提供的多种解决方案（Search in nested Postgresql JSONB column，Postgresql query for objects in nested JSONB field，Query simplified JSONB form JSONB column containing nested JSON from a Postgresql database?，How to query nested array with heterogeneous elements in PostgreSQL JSONB column等），但没有成功。有人能帮助我吗？

postgresql

来源：https://stackoverflow.com/questions/74916130/how-to-query-nested-jsonb-format-data-column-in-postgresql-using-r

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a64a0gku1#

问题中没有精确地（明确地）描述数据选择的条件，例如，当我们在0.02到0.03的pval范围内寻找A0FGR8蛋白质时，查询可能如下所示：

select sample, value
from my_table
cross join jsonb_array_elements(gexp->'data')
where value->>'Protein' = 'A0FGR8'
and (value->>'pval')::numeric between 0.02 and 0.03

在Db<>fiddle.中测试查询

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