我正在使用pythons内置的sqlite3模块访问数据库。我的查询在一个包含150000个条目的表和一个包含40000个条目的表之间执行连接，结果再次包含大约150000个条目。如果我在SQLite Manager中执行查询，则需要几秒钟，但如果我在Python中执行相同的查询，一分钟后它还没有完成。下面是我使用的代码：

cursor = self._connection.cursor()
annotationList = cursor.execute("SELECT PrimaryId, GOId " + 
                                "FROM Proteins, Annotations " +
                                "WHERE Proteins.Id = Annotations.ProteinId")
annotations = defaultdict(list)
for protein, goterm in annotationList:
    annotations[protein].append(goterm)

我做fetchall只是为了测量执行时间。有人能解释一下性能上的巨大差异吗？我在Mac OS X 10. 6. 4上使用的是Python 2. 6. 1。
我手动实现了连接，这样做的速度要快得多。代码如下所示：

cursor = self._connection.cursor()
proteinList = cursor.execute("SELECT Id, PrimaryId FROM Proteins ").fetchall()
annotationList = cursor.execute("SELECT ProteinId, GOId FROM Annotations").fetchall()
proteins = dict(proteinList)
annotations = defaultdict(list)
for protein, goterm in annotationList:
    annotations[proteins[protein]].append(goterm)

所以当我自己获取表，然后用Python进行连接时，大约需要2秒，而上面的代码则需要很长时间，我是不是漏掉了什么？
我用apsw做了同样的尝试，它工作得很好（代码根本不需要修改），性能很好。我仍然想知道为什么sqlite3-模块这么慢。