来自here和d5e5的评论：
您必须将输出切换到csv模式并切换到文件输出。

sqlite> .mode csv
sqlite> .output test.csv
sqlite> select * from tbl1;
sqlite> .output stdout

要在csv文件中包含列名，可以执行以下操作：

sqlite> .headers on
sqlite> .mode csv
sqlite> .output test.csv
sqlite> select * from tbl1;
sqlite> .output stdout

要验证所做的更改，可以运行以下命令：

sqlite> .show

输出：

echo: off   
explain: off   
headers: on   
mode: csv   
nullvalue: ""  
output: stdout  
separator: "|"   
stats: off   
width: 22 18

除了上面的答案，你也可以用类似于.output的方式使用.once，这样就只输出下一个查询到指定的文件，这样你就不必在后面跟着.output stdout了。
在上面的例子中

.mode csv
.headers on
.once test.csv
select * from tbl1;

gdw2和d5e5给出了很好的答案。为了简单一点，下面是一系列命令中的建议：

sqlite> .mode csv
sqlite> .output test.csv
sqlite> select * from tbl1;
sqlite> .output stdout

或者你也可以在一行中完成（在win10中测试）

sqlite3 -help
sqlite3 -header -csv db.sqlite 'select * from tbl1;' > test.csv

附加功能：将powershell与cmdlet和管道（|）.

get-content query.sql | sqlite3 -header -csv db.sqlite > test.csv

其中query.sql是包含SQL查询的文件

所有现有的解决方案都只能在sqlite命令行下运行，如果你想构建一个可重用的脚本，这并不理想，Python可以让你轻松地构建一个可以编程执行的脚本。

import pandas as pd
import sqlite3

conn = sqlite3.connect('your_cool_database.sqlite')

df = pd.read_sql('SELECT * from orders', conn)
df.to_csv('orders.csv', index = False)

您可以自定义查询，以便仅将sqlite表的一部分导出到CSV文件。
您还可以运行一个命令将所有sqlite表导出为CSV文件：

for table in c.execute("SELECT name FROM sqlite_master WHERE type='table';").fetchall():
    t = table[0]
    df = pd.read_sql('SELECT * from ' + t, conn)
    df.to_csv(t + '_one_command.csv', index = False)

有关详细信息，请参见here。