为了能够绘制networkx图，每个节点都需要分配一个位置。默认情况下，nx.spring_layout()用于在调用nx.draw_networkx()时计算位置，但这些位置不会存储。每次绘制函数时都会重新计算这些位置，除非位置被显式添加为参数。
因此，可以预先计算这些位置，然后使用这些位置绘制圆：

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.colors import to_rgba
import networkx as nx
import numpy as np

np.random.seed(123)
graph = nx.erdos_renyi_graph(5, 0.3, seed=123, directed=True)
pos = nx.spring_layout(graph)
nx.draw_networkx(graph, pos=pos)
ax = plt.gca()
for node_id, color in zip([1, 4], ['crimson', 'limegreen']):
    ax.add_patch(plt.Circle(pos[node_id], 0.15, facecolor=to_rgba(color, alpha=0.2), edgecolor=color))
ax.set_aspect('equal', 'datalim')  # equal aspect ratio is needed to show circles undistorted
plt.show()