正如@BigDataScientist所指出的，你可以压缩所有的csv文件，然后下载压缩后的文件，你的downloadHandler可能看起来像这样：

output$download <- downloadHandler(
    filename = function(){
      paste0(input$text,".zip")

    },
    content = function(file){
      #go to a temp dir to avoid permission issues
      owd <- setwd(tempdir())
      on.exit(setwd(owd))
      files <- NULL;

      #loop through the sheets
      for (i in 1:input$sheet){
        #write each sheet to a csv file, save the name
        fileName <- paste(input$text,"_0",i,".csv",sep = "")
        write.table(data()$wb[i],fileName,sep = ';', row.names = F, col.names = T)
        files <- c(fileName,files)
      }
      #create the zip file
      zip(file,files)
    }
  )

这不会从excel文件中下载所有工作表，但会下载从1到用户在input$sheet中输入的任何工作表。
如果用户尚未添加excel文件/名称，您也可以禁用下载按钮。

希望你已经解决了这个问题，但是如果其他人也有类似的问题，这种情况下是因为RTools没有正确安装在Windows上。
目前，您需要在运行安装过程时密切关注，并确保选中复选框以编辑系统路径。
根据您的代码，这很可能是阻止您保存XLSX工作簿的同一问题。

我知道这是一个老线索，但我有同样的问题，顶部的答案对我不起作用。然而，一个简单的调整和使用存档包工作。
可重现示例如下：

library(shiny)
library(archive)

shinyApp(
  # ui
  ui = fluidPage(downloadButton("dl")),
  # server
  server = function(input, output, session) {
    # download handler
    output$dl <- downloadHandler(
      filename = function() {"myzipfile.zip"},
      # content: iris and mtcars
      content = function(file) {
        # definition of content to download
        to_dl <- list(
          # names to use in file names
          names = list(a = "iris",
                       b = "mtcars"),
          # data
          data = list(a = iris,
                      b = mtcars)
        )
        
        # temp dir for the csv's as we can only create
        # an archive from existent files and not data from R
        twd <- setwd(tempdir())
        on.exit(setwd(twd))
        files <- NULL
        
        # loop on data to download and write individual csv's
        for (i in c("a", "b")) {
          fileName <- paste0(to_dl[["names"]][[i]], ".csv") # csv file name
          write.csv(to_dl[["data"]][[i]], fileName) # write csv in temp dir
          files <- c(files, fileName) # store written file name
        }
        
        # create archive from written files
        archive_write_files(file, files)
      }
    )
  }
)

这将创建包含iris.csv和mtcars.csv的zip文件myzipfile.zip。