我认为facet是最接近你所寻找的东西：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(gear), fill = factor(vs))) +
    geom_bar(position = position_dodge(width = 0.8), binwidth = 25) +
    xlab("Patient") +
    ylab("Number of Mutations per Patient Sample") +
    facet_wrap(~cyl)

我没有在ggplot2的问题追踪器中找到任何相关内容。

如果我没理解错的话，你想把aes（）传入geom_bar层，这将允许你传递一个填充美学，然后你可以根据你想要的数据显示方式，把你的条设置为"dodge"或"fill"。
下面列出了一个简短的示例：

ggplot(mtcars, aes(x = factor(cyl), fill = factor(vs))) +
      geom_bar(aes(fill = factor(vs)), position = "dodge", binwidth = 25) +
      xlab("Patient") +
      ylab("Number of Mutations per Patient Sample")

使用结果图：http://imgur.com/ApUJ4p2（抱歉，S/O还不允许我发布图像）
希望能有所帮助!

我已经破解了几次，按照我喜欢的顺序将多个geom_cols层叠在一起。

ggplot(data, aes(x=cert, y=pct, fill=Party, group=Treatment, shape=Treatment)) +
      geom_col(aes(x=cert, y=1), position=position_dodge(width=.9), fill="gray90") +
      geom_col(position=position_dodge(width=.9)) +
      scale_fill_manual(values=c("gray90", "gray60"))

允许我生成你正在寻找的没有刻面的特征。注意我是如何将背景层的y值设置为1的。要添加更多的层，你可以累加你的变量。
图的图像：

我想，我在这篇文章中的回答将帮助您为每个患者建立多个堆叠竖条的图表...
Layered axes in ggplot?

我没有看到上面建议的一种方法是使用facet_wrap按患者分组样本，然后按样本堆叠突变。消除了回避的需要。还更改和修改了用于匹配问题的mtcar属性，并在突变属性中获得更多变化。

patients <-c('Tom','Harry','Sally')
    samples <- c('S1','S2','S3')
    mutations <- c('M1','M2','M3','M4','M5','M6','M7','M8')
    
    ds <- data.frame(
        patients=patients[mtcars$cyl/2 - 1],
        samples=samples[mtcars$gear - 2],
        mutations=mutations[mtcars$carb]
    )
    ggplot(
        ds, 
        aes(
            x      = factor(samples), 
            group  = factor(mutations),
            fill   = factor(mutations)
        )
    ) +
       geom_bar() +
       facet_wrap(~patients,nrow=1) +
       ggtitle('Patient') +
       xlab('Sample') +
       ylab('Number of Mutations per Patient Sample') +
       labs(fill = 'Mutation')

输出现在具有与请求的特定语言相匹配的标签......更容易看到正在发生的事情。
Image of the plot