您可以使用dplyr来实现一些令人满意的语法

library(dplyr)

df %>%
  group_by(Year, Month) %>%
  summarise(Rain = sum(Rain))

在某些情况下，将其转换为xts这样的时间序列类是有益的，然后您可以使用apply.monthly()这样的函数。
数据：

df <- data.frame(
  Year = rep(1890,5), 
  Month = c(1,1,1,2,2), 
  Day = 1:5,
  rain = rexp(5)
)

> head(df)
      Year Month Day      rain
    1 1890     1   1 0.1528641
    2 1890     1   2 0.1603080
    3 1890     1   3 0.5363315
    4 1890     2   4 0.6368029
    5 1890     2   5 0.5632891

将其转换为xts并使用apply.monthly()：

library(xts)
dates <- with(df, as.Date(paste(Year, Month, Day), format("%Y %m %d")))
myXts <- xts(df$rain, dates)

> head(apply.monthly(myXts, sum))
                [,1]
1890-01-03 0.8495036
1890-02-05 1.2000919