是的，很多。Lua和Python似乎是最流行的：

嵌入Lua

• http://www.lua.org/pil/24.html
• https://stackoverflow.com/questions/38338/why-is-lua-considered-a-game-language
• Lua as a general-purpose scripting language?
  嵌入Python
• http://docs.python.org/extending/embedding.html
  嵌入Tcl
• http://wiki.tcl.tk/3474
• http://wiki.tcl.tk/2265
  嵌入Ruby
• How to embed Ruby in C++?
  嵌入Perl
• http://perldoc.perl.org/perlembed.html
  嵌入JavaScript
• http://spiderape.sourceforge.net/

JavaScript引擎有几十种，这只是一个例子，其中一些也快得吓人。

Lua的速度相当快，因为它是，如果你需要更多的速度，尝试LuaJIT，这是优秀的。

Tcl从一开始就被设计成一种嵌入式语言。

我通常会进行数十万次（如果不是数百万次的话）的迭代，在这些迭代中我调用外部“代理”
性能下降将是明显的，也许是痛苦的，如果你能把数据放进数组，然后用NumPy批量处理，应该会快得多。
NumPy使得在一行中进行一百万次运算变得超级容易，例如，对数组的每个元素求平方如下：

>>> x = numpy.array([1, 2, 3, 4, 5, 6, 7])
>>> x**2
array([1, 4, 9, 16, 25, 36, 49])

超级简单，这里紧密的内部循环实际上是用C实现的。
当然，NumPy还可以做更高级的数字处理。

我相信tcl和Rexx都是为了这个目的而设计的。

对于数百万次对python的调用（我假设是c++，因为你提到了boost），是的：你会注意到性能的下降。这可能很重要，也可能不重要--也许尝试新的“代理”所带来的速度增益会比下降更大。Python确实有快速的数值库（比如numpy），这可能会有所帮助，但是你仍然会产生数据编组、调用python、gil等的开销。
是的，您可以嵌入许多其他语言：请查看lua，也可以查看swig.org，它可以连接到除python之外的许多其他语言。

你可以使用C++模板和运算符重载来创建一个嵌入式语言，例如参见ublas或ftensor matrix languages。我不认为python或其他解释性语言适合进行数字运算/数据处理。