我正在R中使用ape
包。我想要一个phylogenetic
树中所有可能的subtree
的列表。然后我想遍历子树列表并得到每个子树的根。我的问题是,每个子树列出的第一个内部节点是该子树的根吗?
举个例子可以更好地说明我的问题。我创建了一个有12个tips的随机树,然后提取子树。我复制了子树1的输出。R然后列出了一些东西,包括每个子树的Node labels: 13, 14, ...
。节点标签中列出的第一个节点(在本例中是节点13)总是子树的根吗?
phy = rtree(12)
st = subtrees(phy)
>st[[1]]
> st
[[1]]
Phylogenetic tree with 12 tips and 11 internal nodes.
Tip labels:
t12, t2, t10, t1, t9, t4, ...
Node labels:
13, 14, 15, 16, 17, 18, ...
Rooted; includes branch lengths.
1条答案
按热度按时间f87krz0w1#
看起来是这样的。为了验证,你可以通过将树转换成一个data.tree结构来可视化树:
这将显示为: