我不太确定我是否理解您的问题，所以让我试着解释一下Store application-specific data的文档页面，您似乎不太清楚。
上传到应用程序数据文件夹的操作与上传到任何其他文件夹的操作完全相同。有三个不同之处。
首先，当你授权你的用户时，你需要使用DriveScopes.DRIVE_APPDATA的作用域，这个作用域允许你访问See, create, and delete its own configuration data in your Google Drive，这意味着你只能编辑你的应用程序创建的数据。
第二，当你上传文件时，文件类型必须是. json，配置文件是.json。
最后，在上传文件时，将父目录设置为appDataFolder。

var fileMetadata = new Google.Apis.Drive.v3.Data.File()
            {
                Name = "config.json",
                Parents = new List<string>()
                {
                    "appDataFolder"
                }
            };

就是这样，这是google drive API和上传到appDataFolder的唯一区别，任何google drive api上传示例都可以使用。