用vector重写代码。
（矩阵计算逻辑我不太清楚。）
如果矩阵不是正方形，则会出现内存限制错误。

#include <iostream>
#include <vector>
#define MAX 100
using namespace std;

void compute_minor_sums(vector<vector<int>>& a, vector<vector<int>>B, int n1, int n2) {
    int sum = 0;
    vector<int> row(n2);
    vector<int>col(n1);
    for (int i = 0; i < n1; i++) {
        for (int j = 0; j < n2; j++) {
            cin >> a[i][j];
            sum += a[i][j];
        }
    }
    for (int i = 0; i < n1; i++) {
        for (int j = 0; j < n2; j++) {
            row[i] += a[i][j];
            col[j] = col[j] + a[i][j];
        }
    }
    for (int i = 0; i < n1; i++) {
        for (int j = 0; j < n2; j++) {
            B[i][j] = sum - row[i] - col[j] + a[i][j];
        }
    }

}

int main()
{
    int n1, n2;
    cin >> n1 >> n2;
    vector<vector<int>> a(n1, vector<int>(n2)); // n1 x n2 matrix
    vector<vector<int>> B(n1, vector<int>(n2)); // n1 x n2 matrix
    compute_minor_sums(a, B, n1, n2);
}

你的代码有很多问题，我将从一些可见的问题开始。正如其他用户在评论中提到的- VLA在C++中不存在。什么是VLA？
VLA的大小是在runtime期间确定的，而不是在compilation期间确定的。因此，以下代码不会编译，因为值n1和n2是在runtime期间由用户确定的。

int main()
{
  int n1,n2;
  std::cin >> n1 >> n2; // <-- we get values n1 and n2 during runtime from user input
  int a[n1][n2],B[n1][n2];
  //...
}

将编译以下代码：

int main()
{
  const int n1 = 1;
  const int n2 = 2; // known during compilation and guaranteed not to change
  int a[n1][n2],B[n1][n2];
  int c[1][2]; // the same as using const ints - 1 and 2 are known during compilation
  //...
}

所以你可能会问：

如果在编译期间不知道C样式数组的大小，我们该怎么办？

答案是，你可以在堆上分配数组，但是拥有一个2D数组不再简单，即：

int main()
{
  int n1,n2;
  std::cin >> n1 >> n2; // <-- we get values n1 and n2 during runtime from user input
  int **a = new int*[n1];
  for (int i = 0; i < n1; ++i) {
    a[i] = new int[n2];
  }
}

正如你所看到的，我们创建了指向int的指针，因为数组就是这样的，指向int的指针，它是int数组的开始，其余的值是前一个元素的偏移量。
我们还可以通过以下方式简化上述内容：

int* a = new int[n1 * n2];

// a[i][j] is then
a[i * n1 + j]

您的代码还有其他问题，但一次只解决一个问题。
如果你想把它传递给函数，那么你现在有更多的选择，除了简单地传递指针到数组的开头（即a）就足够了，但是你必须添加一些额外的边界检查逻辑。因此，为什么其中一个答案建议使用std容器std::vector，因为这些容器为你做了所有这些事情，具有最小的开销。
编辑：代码的其他问题如下所示：

row[i]+=a[i][j];
col[j]=col[j]+a[i][j];

你没有在你的代码中初始化这些数组，老实说，我不确定非VLA的默认定义行为是什么，但是当你在我的答案中提到的 heap 上分配一些东西时。你将（很可能）进入一个带有随机值的未定义行为的区域。所以一定要用默认值初始化row/col（因为你主要是做加法，你想用0s初始化）