我不知道为什么你的代码不工作，但是，下面的代码片段的工作正如你所期望的。
根据我的理解，clip_on与对形状应用给定的剪切无关，而是与形状是否应该在显示区域中剪切有关。

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import Circle, Rectangle

rect = Rectangle((-2,-2),4,2, facecolor="none", edgecolor="none")
circle = Circle((0,0),1)

ax = plt.axes()
ax.add_artist(rect)
ax.add_artist(circle)

circle.set_clip_path(rect)

plt.axis('equal')
plt.axis((-2,2,-2,2))
plt.show()

我一直在纠结这个问题，所以我的版本是：

import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import Circle
from matplotlib.transforms import Bbox


# This is in PIXELS
# first tuple : coords of box' bottom-left corner, from the figure's bottom-left corner
# second tuple : coords of box' top-right corner, from the figure's bottom-left corner
clip_box = Bbox(((0,0),(300,300)))
circle = Circle((0,0),1)

plt.axis('equal')
plt.axis((-2,2,-2,2))
plt.axes().add_artist(circle)

# You have to call this after add_artist()
circle.set_clip_box(clip_box)

plt.show()

两个不同之处在于框的坐标是以像素（？！）为单位的，而set_clip_box()只在add_artists()之后工作（这就是clip_box=clip_box不工作的原因）。我很想知道应该配置什么来让它以“轴单位”工作。
下面是我用来解决这个问题的黑客技术，它可以剪辑所有内容，包括图表、坐标轴等：

for o in plt.findobj():
    o.set_clip_on(True)
    o.set_clip_box(clip_box)