我想读取CSV文件列表,例如exon_kipan.00001.csv、exon_kipan.00002.csv、exon_kipan.00003.csv和exon_kipan.00004.csv(总共24个文件),然后在连接 Dataframe 之前使用panda执行一系列操作。
对于单个文件,我将执行以下操作:
df= pd.read_csv("exon_kipan.csv", sep="\t", index_col=0, low_memory=False)
df= df[df.columns[::3]]
df= df.T
del df[df.columns[0]]
df.index = df.index.str.upper()
df= df.sort_index()
df.index = ['-'.join( s.split('-')[:4]) for s in df.index.tolist() ]
df.rename_axis(None, axis=1, inplace=True)
但是,现在我想读取、操作和连接多个文件。
filename = '/work/exon_kipan.{}.csv'
df_dict = {}
exon_clin_list = []
for i in range(1, 25):
df_dict[i] = pd.read_csv(filename, sep="\t", index_col=0, low_memory=False)
df_dict[i] = df_dict[i][df_dict[i].columns[::3]]
df_dict[i] = df_dict[i].T
del df_dict[i][df_dict[i].columns[0]]
df_dict[i].index = df_dict[i].index.str.upper()
df_dict[i] = df_dict[i].sort_index()
df_dict[i].index = ['-'.join( s.split('-')[:4]) for s in df_dict[i].index.tolist() ]
df_dict[i].rename_axis(None, axis=1, inplace=True)
exon_clin_list.append(df_dict[i])
exon_clin = pd.concat(df_list)
我的代码引发:
FileNotFoundError: [Errno 2] No such file or directory: '/work/exon_kipan.{}.csv'
2条答案
按热度按时间a7qyws3x1#
您必须使用
str
的format
方法:试验:
50pmv0ei2#
也许像这样的东西会有用