我还没有找到任何自动化的工具来做这件事，所以在生态系统中可能有一个缺口。
在我的例子中，我有多个文件要移动，其中一些文件比其他文件有更多的副本，这增加了一些有趣的复杂性，但在重构以删除重复时并不罕见。
我最后做的是：

• 编写一个脚本来创建一个新分支，其中每个变量都被移动到它的新位置。
• 我的脚本首先标识要移动的文件。
• 查找副本最多的文件并创建相应数量的分支。
• 对于每个分支，它尝试将每个文件的一个副本移动到新位置
• 然后我手动合并了每个分支。

这些合并中的大多数都是琐碎的事情，比如为每个子项目更改名称空间。
结果是一组文件，其中包含我想要的所有更改以及每个文件的所有更改历史。
为了让这一点更具体一些：

• 步骤1：使用filter-repo创建一个只包含感兴趣的文件的项目

(note这应该在项目的新克隆上完成）

git filter-repo --path-glob \*ThingIWant1\* --path-glob \*AnotherThingIWant\* 
     git filter-repo --invert --path-glob \*ThingIDontWant\*

• 第二步：创建分支

#!/bin/bash
    
    # find unique filenames
    MAXLOCS=0
    FILES=`find . -not -path '*/.*' -type f | grep -v makebranch | xargs -ifile basename file | sort -u`
    for FILE in $FILES; do
        echo FILE=$FILE
        # find number of locations for each filename
        NUMLOCS=`find . -not -path '*/.*' -name $FILE | wc -l`
        if [ $NUMLOCS -gt $MAXLOCS ]; then
        MAXLOCS=$NUMLOCS
        fi
    done
    echo "$MAXLOCS branches required"
    
    # for each branch
    #  move one location of each file to its final destination
    L=0
    while [ $L -lt $MAXLOCS ]; do
        git checkout develop
        git checkout -b ps$L
        for FILE in $FILES; do
        echo FILE=$FILE
        LOCS=( $(find . -not -path '*/.*' -name $FILE) )
        NUMLOCS=${#LOCS[@]}
        if [ $L -lt $NUMLOCS ]; then
            LOC=${LOCS[$L]}
            echo "mv $LOC"
            # Move source files to one place and test files to another
            # In my case we have src and test
            echo $LOC | grep -q /src/
            if [ $? ]; then
                mkdir -p FinalDestinationForSource
                git mv $LOC FinalDestinationForSource/$FILE
                if [ $? -ne 0 ];then
                   echo "BAD: git mv $LOC FinalDestinationForSource/$FILE"
                fi
            else
                mkdir -p FinalDestinationForTests
                git mv $LOC FinalDestinationForTests/$FILE
                if [ $? -ne 0 ];then
                   echo "BAD: git mv $LOC FinalDestinationForTests/$FILE"
                fi
            fi
        fi 
        done
        git add -u
        git status
        git commit -m "#Ticket: move Things to new location $L"
        ((L = L + 1))
    done

• 第三步：合并各分支

git checkout ps0
    git merge ps1 -X rename-threshold=5%
    # resolve manually... then
    git commit
    git merge ps2 -X rename-threshold=5%
    # resolve manually... then
    git commit

rename-threshold可以帮助git确信两个文件来自同一个地方，否则一个版本可能会简单地替换另一个版本，而不保留链接它们的修改历史。我认为结果等同于使用git commit-tree链接多个提交，这是解决这个问题的另一种方法。
您可以使用git blame验证历史记录，查看每个文件中的每一行来自何处，使用git log查看实际提交。
Raymond Chen对此有一个series of blogs，可能会感兴趣。他使用commit-tree来处理这个任务。我认为这会起作用，但我认为对于我的情况来说，这是一个有点太低级的方法。

• 步骤4：将库合并到它所属的项目中

这是为了完整起见，因为您可能会将文件移动到另一个项目中。请参阅“如何合并两个Git仓库？“了解更多详细信息

cd targetProject
    git remote add sourceProject /path/to/sourceProject
    git fetch sourceProject
    git merge --allow-unrelated-histories sourceProject/ps0

我认为这方面的时机已经成熟，可以贡献一个脚本来为git添加一个新的合并工具。