使用filter方法循环myArray。此方法是每个数组上都有的工具包的一部分。
filter方法循环遍历数组中的每一项，在本例中是"today"、"morning"等字符串。它将检查每个字符串是否在userInput字符串中找到。如果找到，则返回true。意味着该单词可以是新数组的一部分。如果结果是false，则该单词将不包括在新数组中。

const userInput = "hey good morning bro";
const myArray = ["today", "morning", "good", "good morning"];

const intersect = myArray.filter(word => 
  userInput.includes(word)  
);
  
console.log(intersect);

当前您检查userInputs是否包含整数（索引）。您必须按如下所示进行更改：

var userInput, myArray, intersect;
userInput = "hey good morning bro";
myArray = ["today", "morning", "good", "good morning"];

for (i=0; i<myArray.length; i++)
{
  intersect = userInput.includes(myArray[i]);
  document.write(intersect + ' => ' + myArray[i] + " #</br> ");
}

使用分隔符““拆分用户输入。

const userInput =  "hey good morning bro";
const myArray = ["today", "morning", "good", "good morning"];

let intersection = [];
const stringParts = userInput.split(" ");

for (let i = 0; i < myArray.length; i++) {
     if (stringParts.includes(myArray[i])) {
          intersection.push(myArray[i]);
     }
}

console.log(intersection);

注意，输出将出现在控制台中，但是如果需要，您可以更改console.log（尽管我建议将console.log用于测试）。
另外，不要使用var。对于不会改变的内容使用const，对于其他内容使用let。

尝试以下代码来获取公共元素的数组：

var userInput = "hey good morning bro";
var myArray = ["today", "morning", "good", "good morning"];
var intersect = [];

$.each(myArray, function(index, val) {
    if(userInput.indexOf(val) != -1){
        intersect.push(val);
    }
});

console.log(intersect);