docker 调用singularity shell后运行脚本中的下一个命令

a7qyws3x 于 2023-01-12 发布在 Docker

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我有一个shell脚本，其中包含多个singularity命令myscript.sh

#!/bin/sh/

singularity shell -B /home/user/Desktop/ /home/user/image/some_image.simg
/home/user/miniconda/activate my_env
cd /app/app_folder/scripts
ls -ash

当我运行脚本时，它在调用shell后卡住。

singularity>

但是我希望后续的命令在调用的shell中运行，我该怎么做呢？

docker

来源：https://stackoverflow.com/questions/67286945/run-next-command-in-script-after-invoking-singularity-shell

2条答案

按热度按时间

3phpmpom1#

您正在连接到shell脚本中的交互式命令shell，您需要做的只是执行命令。

singularity exec ...

https://sylabs.io/guides/3.7/user-guide/cli/singularity_exec.html

赞(0）回复(0）举报 2023-01-12

fwzugrvs2#

因此，基本上我必须将shell替换为exec，并将后续命令保存在不同的可执行bash脚本newscript.sh中，该脚本包含

#!/bin/sh

/home/user/miniconda/activate my_env
cd /app/app_folder/scripts
ls -ash

然后运行myscript.sh

#!/bin/sh

singularity exec -B /home/user/Desktop/ /home/user/image/some_image.simg bash newscript.sh

在myscript.sh中调用奇异壳后，该方法将在奇异壳中运行newscript.sh

赞(0）回复(0）举报 2023-01-12

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