R语言注解Dbi问题：“输入的密钥都不是有效密钥”

l0oc07j2 于 2023-01-15 发布在其他

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我是非常新的单细胞RNA测序，我试图得到基因名称使用相同的代码从教程，但我不断得到一个错误：

GeneNameSymbol <- AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db, keys= GeneNameEnsembl, columns='SYMBOL', keytype='ENSEMBL')

这是我在上面使用的代码，错误是：
. testForValidKeys（x，密钥，密钥类型，fks）中出错：未找到对象'GeneNameEnsembl'
当我尝试

GeneNameSymbol <- AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db, keys='GeneNameEnsembl', columns='SYMBOL', keytype='ENSEMBL')

我得到这个错误：
. testForValidKeys（x，密钥，密钥类型，fks）中出错：输入的键都不是"ENSEMBL"的有效键。请使用keys方法查看有效参数的列表。

来源：https://stackoverflow.com/questions/75088407/issue-with-annotationdbi-none-of-the-keys-entered-are-valid-keys

1条答案

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fnvucqvd1#

检查数据库的所有可能的 * 键 *，然后 * 选择 *，参见示例：

library(AnnotationDbi)
library(org.Mm.eg.db)

head(keys(org.Mm.eg.db))
# [1] "11287" "11298" "11302" "11303" "11304" "11305"

AnnotationDbi::select(org.Mm.eg.db,
                      keys = "11287",
                      columns = "SYMBOL")
#   ENTREZID SYMBOL
# 1    11287    Pzp

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