我还找到了另一种方法来解决这个问题。在回到我说的教程后，我看到它是2021年制作的。看到这个之后，我想知道我们是否使用了每个包的相同版本，结果我们没有。我不确定他们使用的是什么版本的nglview，但是他们使用的是biopython 1.79，这是2021年的最新版本，而我使用的是biopython 1.80。在使用biopython 1.80时，我得到了上面看到的错误。但是现在我使用的是biopython 1.79，我得到了这个：

file = "6YYT.pdb"
parser = PDBParser()
structure = parser.get_structure("6YYT", file)
structure

view = nv.show_biopython(structure)
view

输出：

c:\Users\jerem\anaconda3\lib\site-packages\Bio\PDB\StructureBuilder.py:89:
PDBConstructionWarning: WARNING: Chain A is discontinuous at line 12059.
  warnings.warn(

我猜biopython 1.80有些问题，所以我将坚持使用1.79

我也有类似的问题：

from Bio.PDB import * 
import nglview as nv

parser = PDBParser(QUIET = True)
structure = parser.get_structure("2ms2", "2ms2.pdb")

save_pdb = PDBIO()
save_pdb.set_structure(structure)
save_pdb.save('pdb_out.pdb')

view = nv.show_biopython(structure)
view

问题中的错误如下：

.................site-packages/nglview/adaptor.py:201, in BiopythonStructure.get_structure_string(self)
    199 io_str = StringIO()
    200 io_pdb.save(io_str)
--> 201 return io_str.getvalue()

ValueError: I/O operation on closed file

我修改了site-packages/nglview/adaptor.py:201, in BiopythonStructure.get_structure_string(self)：

def get_structure_string(self):
        from Bio.PDB import PDBIO
        from io import StringIO
        io_pdb = PDBIO()
        io_pdb.set_structure(self._entity)
        io_str = StringIO()
        io_pdb.save(io_str)
        return io_str.getvalue()

与：

def get_structure_string(self):
        from Bio.PDB import PDBIO
        
        import mmap
        
        io_pdb = PDBIO()
        
        io_pdb.set_structure(self._entity)
        
        mo = mmap_str()
        
        io_pdb.save(mo)
        
        return mo.read()

并在同一文件中添加了这个新类mmap_str()：

import mmap
import copy

class mmap_str():

    import mmap #added import at top
    
    instance = None

    def __init__(self):
    
        self.mm = mmap.mmap(-1, 2)
        
        self.a = ''
        
        b = '\n'
        
        self.mm.write(b.encode(encoding = 'utf-8'))
        
        self.mm.seek(0)
        
        #print('self.mm.read().decode() ',self.mm.read().decode(encoding = 'utf-8'))
        
        self.mm.seek(0)
        
    def __new__(cls, *args, **kwargs):
        if not isinstance(cls.instance, cls):
            cls.instance = object.__new__(cls)
        return cls.instance
        
    def write(self, string):
        
        self.a = str(copy.deepcopy(self.mm.read().decode(encoding = 'utf-8'))).lstrip('\n')
        
        self.mm.seek(0)
        
        #print('a -> ', self.a)
        
        len_a = len(self.a)
        
        self.mm = mmap.mmap(-1, len(self.a)+len(string))
        
        #print('a :', self.a)
        
        #print('len self.mm ', len(self.mm))
        
        #print('lenght string : ', len(string))
        
        #print(bytes((self.a+string).encode()))
        
        self.mm.write(bytes((self.a+string).encode()))
        
        self.mm.seek(0)
        
        #print('written once ')
        
        #self.mm.seek(0)
        
    def read(self):
    
        self.mm.seek(0)
        
        a = self.mm.read().decode().lstrip('\n')
        
        self.mm.seek(0)
        
        return a
        
    def __enter__(self):
        
        return self
 
    def __exit__(self, *args):
        
        pass

如果我取消print语句的注解，我将得到：

IOPub data rate exceeded.
The notebook server will temporarily stop sending output
to the client in order to avoid crashing it.

错误，但将它们注解掉后，我得到：

在使用nglview.show_file(filename)时，我得到：

这是因为，正如查看pdb_out.pdb文件时所看到的
由我的代码输出，Biopytho.PDB.PDBParser.get_structure(name , filename)不检索负责生成完整CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY的pdb头/或biopython无法处理它（不确定这一点，如果您更了解，请提供帮助），而只是检索坐标。
还是不明白是怎么回事：

--> 201 return io_str.getvalue()

ValueError: I/O operation on closed file

它可能是与jupiter ipykernal有关的东西？希望有人能更清楚地说明这一点，不知道框架是如何运行的，但绝对不同于普通的python解释器。

同样的代码在我的Python虚拟环境之一，将永远运行，所以它可能是ipykernel不喜欢StringIO()或做一些奇怪的事情给他们？
好的，感谢下面答案中的提示，我在github repo中检查了www.example.com的Biopython 1.80版本，并比较了PDBIO的保存方法：PDBIO.py和Biopython1.79中的那个一样 def save(self, file, select=_select, write_end=True, preserve_atom_numbering=False): with the one in Biopython 1.79,
参见第一位：

最后一位：

所以很明显，最大的区别是版本1.80中的with fhandle:块。
所以我意识到通过添加StringIO的子类来修改adaptor.py，如下所示：

from io import StringIO
class StringIO(StringIO):

    def __exit__(self, *args, **kwargs):
        
        print('exiting from subclassed StringIO !!!!!')
        
        pass

然后像这样修改def get_structure_string(self):：

def get_structure_string(self):
        from Bio.PDB import PDBIO
        #from io import StringIO
        io_pdb = PDBIO()
        io_pdb.set_structure(self._entity)
        io_str = StringIO()
        io_pdb.save(io_str)
        return io_str.getvalue()

足以让我的Biopython 1.80工作在木星与nglview。
我不确定不关闭用于可视化的StringIO对象会有什么缺陷，但显然这就是Biopython 1.79所做的，就像我使用mmap对象的第一个答案一样（不关闭mmap_str）

解决问题的另一种方法：
我试图理解git，最后我得到了这个，看起来和biopython项目之前的习惯更一致，但不能强迫它。

它使用BIO.file中的as_handle：https://github.com/biopython/biopython/blob/e1902d1cdd3aa9325b4622b25d82fbf54633e251/Bio/File.py#L28

@contextlib.contextmanager
def as_handle(handleish, mode="r", **kwargs):
    r"""Context manager to ensure we are using a handle.
    Context manager for arguments that can be passed to SeqIO and AlignIO read, write,
    and parse methods: either file objects or path-like objects (strings, pathlib.Path
    instances, or more generally, anything that can be handled by the builtin 'open'
    function).
    When given a path-like object, returns an open file handle to that path, with provided
    mode, which will be closed when the manager exits.
    All other inputs are returned, and are *not* closed.
    Arguments:
     - handleish  - Either a file handle or path-like object (anything which can be
                    passed to the builtin 'open' function, such as str, bytes,
                    pathlib.Path, and os.DirEntry objects)
     - mode       - Mode to open handleish (used only if handleish is a string)
     - kwargs     - Further arguments to pass to open(...)
    Examples
    --------
    >>> from Bio import File
    >>> import os
    >>> with File.as_handle('seqs.fasta', 'w') as fp:
    ...     fp.write('>test\nACGT')
    ...
    10
    >>> fp.closed
    True
    >>> handle = open('seqs.fasta', 'w')
    >>> with File.as_handle(handle) as fp:
    ...     fp.write('>test\nACGT')
    ...
    10
    >>> fp.closed
    False
    >>> fp.close()
    >>> os.remove("seqs.fasta")  # tidy up
    """
    try:
        with open(handleish, mode, **kwargs) as fp:
            yield fp
    except TypeError:
        yield handleish

任何人都可以把它传沿着吗？[当然需要检查，我的测试还可以，但我是个新手]。