我知道变量array是一个盒子，可以包含任何符合MyProtocol的东西。
这正是你的代码的问题所在，当你写let array: [MyProtocol]时，它不是一个采用MyProtocol协议的具体类型的数组，它实际上是一个**存在类型的数组，可以存储任何采用MyProtocol协议的对象，而这种存在类型本身并不采用该协议。
但是，当您编写泛型函数func sorted<T: MyProtocol>时，您特别将类型T约束为采用MyProtocol的某个类型。由于存在类型本身不采用协议，因此您收到了错误。
要解决这个问题，可以不约束函数sorted，而是让参数本身和返回值成为存在类型的数组：

func sorted(array: [MyProtocol]) -> [MyProtocol]

旁注，从Swift 5.6开始，存在类型的用法应该显式表示，所以你的array声明将变成：

let array: [any MyProtocol] = [...]

函数签名将变为：

func sorted(array: [any MyProtocol]) -> [any MyProtocol]

如果你想在Element的基础上给Array添加一个函数，你可以通过扩展数组...

extension Array where Element: MyProtocol {
  func sorted() -> [Element] {
    // put your sorting logic here that uses the `MyProtocol` properties.
  }
}

话虽如此...如果你能对符合你的MyProtocol的对象进行排序，那么那个协议也很可能符合Comparable。
在[Comparable]上已经有一个sorted函数（符合Comparable的对象数组），所以你不需要一个新函数。
要实现这一点，您可以将协议定义为...

protocol MyProtocol: Comparable {
}

这将为您的数组提供.sorted()函数。
可比性文件... https://developer.apple.com/documentation/swift/comparable

该错误消息指示数组变量中的元素类型any MyProtocol与排序函数的泛型约束MyProtocol中指定的类型不同。
在Swift中，any是所有类型都遵守的协议，所以any MyProtocol是同时遵守any和MyProtocol协议的类型。
要修复此错误，您可以将数组变量的类型更改为[MyProtocol]，或将排序函数的约束更改为T：任何我的方案。