经过2天的挣扎，试图了解问题是什么，研究Magento核心类模块销售，我发现有人在Magento社区谁有similar problems与Magento API和开发了patch .
这个问题是从一年前，但似乎并没有在Magento的后续版本中得到解决，所以我决定采用与扩展相同的解决方案，因此强制订单项目的发货数量等于发货数量，然后，再次保存订单。
好吧，这只是一个补丁，不知道这是否是一个普遍的问题，但对我来说，这是唯一的办法，使这项工作，并最终获得订单的状态'完成'。
我在第一次保存订单后添加了以下代码：

try {
        $saveTransaction = $this->_transactionFactory->create();
        $saveTransaction->addObject($shipment)
             ->addObject($shipment->getOrder());
        $saveTransaction->save();

        $itemsCheck = $order->getItemsCollection()->addAttributeToSelect('*')->load();
        foreach ($itemsCheck as $item) {
            if (! $item->getQtyToShip() || $item->getIsVirtual()) { 
                   continue;
            }
            $item->setQtyShipped($item->getQtyToShip());
            $item->save();
            $Norder = $shipment->getOrder()->load( $shipment->getOrder()->getId() );
            $Norder->save();
        }
    }

希望能对其他人有所帮助。

如果您查看一下用于创建发货的SOAP API（ Mage _Sales_Model_Order_Shipment_Api：：create（...）），您会发现当您在同一事务中保存订单时，这是自动完成的。

/* @var $shipment Mage_Sales_Model_Order_Shipment */
    $shipment = $order->prepareShipment($itemsQty);
    if ($shipment) {
        $shipment->register();
        $shipment->addComment($comment, $email && $includeComment);
        if ($email) {
            $shipment->setEmailSent(true);
        }
        $shipment->getOrder()->setIsInProcess(true);
        try {
            $transactionSave = Mage::getModel('core/resource_transaction')
                ->addObject($shipment)
                ->addObject($shipment->getOrder())
                ->save();
            $shipment->sendEmail($email, ($includeComment ? $comment : ''));
        } catch (Mage_Core_Exception $e) {
            $this->_fault('data_invalid', $e->getMessage());
        }
        return $shipment->getIncrementId();
    }

我还注意到，我可以创建跟踪（ Mage _Sales_Model_Order_Shipment_Track）并在保存之前将其添加到货件中，还可以将跟踪添加到事务中：

$track = Mage::getModel('sales/order_shipment_track')
        ->setNumber($trackingNumber)
        ->setCarrierCode($carrier)
        ->setTitle($serviceTitle);

    $shipment->addTrack($track);
    $transactionSave = Mage::getModel('core/resource_transaction')
        ->addObject($shipment)
        ->addObject($shipment->getOrder())
        ->addObject($track)
        ->save();

所以，没必要自己动手。

我遇到了同样的问题，但在我的案例中，我发现在发货登记后，销售订单再次保存关系，使qty_shipped变为0。
所以我的解决方案是添加一个插件到Magento\Sales\Model\Order\Shipment：：register（），如下所示：

public function aroundRegister(
    \Magento\Sales\Model\Order\Shipment $subject,
    \Closure $proceed
) {
    if ($subject->getId()) {
        throw new \Magento\Framework\Exception\LocalizedException(
            __('We cannot register an existing shipment')
        );
    }

    $totalQty = 0;

    $orderItems = [];
    /** @var \Magento\Sales\Model\Order\Shipment\Item $item */
    foreach ($subject->getAllItems() as $item) {
        if ($item->getQty() > 0) {
            $item->register();
            $orderItems[] = $item->getOrderItem();
            if (!$item->getOrderItem()->isDummy(true)) {
                $totalQty += $item->getQty();
            }
        }
    }

    //make sure the updated Item be set in order so the save order relation will be correct
    $subject->getOrder()->setItems($orderItems);

    $subject->setTotalQty($totalQty);

    return $subject;
}