如何在R中使用plotly设置热图的分位数定义颜色?

vyswwuz2  于 2023-01-18  发布在  其他
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我想用plotly绘制一个R中的矩阵,其中的色标是基于分位数值的。下面是一个自包含的可重复的例子:

library(dplyr)
library(plotly)

# Data to plot
d <- data.frame(x = 1:10, y=1:10, z = rnorm(n = 10, mean = 0, sd = 100))

# Quantile values
qtl_val <- c(0, 0.68, 0.95, 0.99, 0.997)

# Colors to use
qtl_colors <- c(
  rgb(0,0,0),
  rgb(246/256,192/256,192/256),
  rgb(244/256,135/256,134/256),
  rgb(219/256,55/256,55/256),
  rgb(164/256,30/256,34/256))

# Function to assign a color to each quantile window
set_color <- function(z,qtl_leg){
  for( i in 1:nrow(qtl_leg)){
    min_val <- qtl_leg$val[i]
    max_val <- ifelse( !is.na(qtl_leg$lead_val[i]), qtl_leg$lead_val[i], Inf)
    if( z >= min_val & z <= max_val ) return(qtl_leg$color[i])
  }
}

qtl_leg <- data.frame(val=round(as.numeric(quantile(d$z, probs=qtl_val)))) %>%
  mutate(lead_val = lead(val)) %>%
  mutate(color = qtl_colors)

d <- d %>%
  rowwise() %>%
  mutate(color = set_color(z,qtl_leg) ) %>%
  as.data.frame()

# Draw the matrix
plot_ly(data=d, x=~x, y=~y, z=~z, color=~color, type='heatmap' )

绘图与数据框架中设置的颜色不匹配,图例和提示工具文本都很奇怪。总而言之,我出错了,但我不知道是什么。

vql8enpb

vql8enpb1#

您可以使用zauto = FALSE创建自定义比例,并按如下方式指定zminzmax

library(plotly)
library(dplyr)
plot_ly(data=d, x=~x, y=~y, z=~z, 
        color=~color, type='heatmap', 
        zauto = FALSE,
        zmin = qtl_val[1],
        zmax = qtl_val[5])

输出:

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