R语言 如何为离散值生成有意义的绘图员/相关图

zqdjd7g9  于 2023-01-18  发布在  其他
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我最喜欢的探索性分析工具之一是pairs(),但是在离散值数量有限的情况下,它会因为点完全对齐而福尔斯平坦。

y <- t(rmultinom(n=1000,size=4,prob=rep(.25,4)))
pairs(y)

它并没有给予人一种很好的相关性。有没有其他的情节风格可以呢?

nhjlsmyf

nhjlsmyf1#

如果你将y改为data.frame,你可以添加一些“抖动”,并使用col选项设置透明度级别(rgb中的第4个数字):

y <- data.frame(y)
pairs(sapply(y,jitter), col = rgb(0,0,0,.2))

或者你可以使用ggplot 2的plotmatrix:

library(ggplot2)
plotmatrix(y) + geom_jitter(alpha = .2)

编辑:由于ggplot 2中的plotmatrix已被弃用,因此使用ggpairs(在@hadley的评论中提到的GGally包)

library(GGally)
ggpairs(y, lower = list(params = c(alpha = .2, position = "jitter")))

aiazj4mn

aiazj4mn2#

以下是使用corrplot的示例:

M <- cor(y)
corrplot.mixed(M)

您可以在简介中找到更多示例
http://cran.r-project.org/web/packages/corrplot/vignettes/corrplot-intro.html

aydmsdu9

aydmsdu93#

以下是使用ggplot2的几个选项:

library(ggplot2)

## re-arrange data (copied from plotmatrix function)
prep.plot <- function(data) {
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data))
    grid <- subset(grid, x != y)
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) {
        xcol <- grid[i, "x"]
        ycol <- grid[i, "y"]
        data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
                   x = data[, xcol], y = data[, ycol], data)
    }))
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data))
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data))
    return(all)
}

dat <- prep.plot(data.frame(y))

## plot with transparent jittered points
ggplot(dat, aes(x = x, y=y)) +
    geom_jitter(alpha=.125) +
    facet_grid(xvar ~ yvar) +
    theme_bw()

## plot with color representing density
ggplot(dat, aes(x = factor(x), y=factor(y))) +
    geom_bin2d() +
    facet_grid(xvar ~ yvar) +
    theme_bw()
7dl7o3gd

7dl7o3gd4#

我还没有足够的学分来评论@文森特的帖子-当做

library(GGally)
ggpairs(y, lower = list(params = c(alpha = .2, position = "jitter")))

我得到

Error in stop_if_params_exist(obj$params) : 
  'params' is a deprecated argument.  Please 'wrap' the function to supply arguments. help("wrap", package = "GGally")

因此,根据所示的帮助页面,它似乎需要在这种情况下在这里:

ydf <- as.data.frame(y)
regularPlot <- ggpairs(ydf, lower = list(continuous = wrap(ggally_points, alpha = .2, position = "jitter")))
regularPlot

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