是的，可以使用fancyhdr（见@Julian的答案）。
但也要记住，夸托使用KOMA-Script类（默认为scrartcl），KOMA-Script建议使用scrlayer-scrpage乳胶包来处理页眉和页脚，而不是fancyhdr。

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title: "Untitled"
format: 
  pdf:
    include-in-header: 
      text: |
        \usepackage{scrlayer-scrpage}
        \rohead{Header text}
        \lofoot{Footer text}
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# Chapter ONE

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# Chapter TWO

您可能还想在Tex StackExchange上浏览this问题和相应的答案。

你离解决方案不远了，如果你想使用fancyhdr，这是可行的（注意，你需要添加text: |来获得多行latex代码）：

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format: 
  pdf:
    include-in-header: 
      text: |
        \usepackage{fancyhdr}
        \pagestyle{fancy}
        \fancyhead[C]{Header text}
        \fancyfoot[L]{Footer text}
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# Chapter ONE

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# Chapter TWO